ApiNATOMY：面向生理连接性的本体链接多尺度建模框架

《Journal of Biomedical Semantics》：Ontology creation and management tools: the case of anatomical connectivity

　　

摘要

ApiNATOMY 是一个框架，用于将生理连接性表示为具有明确拓扑结构和本体链接语义的多尺度电路图。在其核心，知识表示模型定义了解剖区室和通道的原语。在此基础上，我们引入了模式驱动的知识管理工具，使非程序员的领域专家能够以模块化的方式协作开发、验证和整理大规模连接性模型。ApiNATOMY 模型由扩展的 JSON Schema 管理，该模式同时充当正式文档、验证规范以及自动化模型处理的基础。实现涵盖了领域约束强制、语义注释和反向链接生成，从而能够在模块化组件中实现一致的图可视化、导航和传递闭包。与外部本体服务的实时集成支持模型编写过程中的标识符解析和溯源感知注释。该框架还支持通过导入、合并和基于命名空间的重复使用来实现模型组合，提供基于代码和基于图用户界面的编辑功能，并提供到 JSON、RDF/JSON-LD 和图形数据库的导出流水线。我们在外周神经系统和自主神经系统建模中展示了该工具集的实用应用，其中它实现了数十个模型的建设，包括神经连接到身体器官的详细空间定位。