中国东北地区柴胡叶绿体基因组测序及系统发育分析

《BMC Research Notes》：Chloroplast genome sequencing and phylogenetic analysis of Bupleurum chinense in Northeast China

【字体：大中小】 时间：2026年10月12日 来源：BMC Research Notes 1.7

编辑推荐：

　　摘要背景柴胡（Bupleurum chinense）的叶绿体基因组此前曾在中国北方（山西、陕西和河北省）被报道，但其分布范围东北部分尚无叶绿体基因组数据可用。结果采用高通量基因组测序技术对中国东北地区的柴胡进行了测序。完整叶绿体基因组完成了组装和注释，随后使用最大似然法进行了

摘要

背景

柴胡（Bupleurum chinense）的叶绿体基因组此前曾在中国北方（山西、陕西和河北省）被报道，但其分布范围东北部分尚无叶绿体基因组数据可用。

结果

采用高通量基因组测序技术对中国东北地区的柴胡进行了测序。完整叶绿体基因组完成了组装和注释，随后使用最大似然法进行了系统发育分析。结果表明，该叶绿体基因组长度为 155,932 bp，GC 含量为 37.7%。完整叶绿体基因组包含 114 个唯一基因，其中包括 80 个蛋白质编码基因、30 个 tRNA 基因和 4 个 rRNA 基因。系统发育树表明，本研究中的样本（PV989638）与先前发表的柴胡数据（NC_046774）紧密聚类，支持这两个登录号之间的高序列相似性。

结论

本研究提供了一个来自中国东北地区的额外叶绿体基因组，有助于促进柴胡属内的比较基因组学和进化研究。这两个登录号之间的高序列相似性与预期的种内质体基因组保守性一致。然而，本研究基于单一地点的单个个体，且组装过程是使用 NC_046774 作为参考序列进行引导的，这可能影响与该参考序列的比较。

背景

柴胡（Bupleurum chinense）的叶绿体基因组此前曾在中国北方（山西、陕西和河北省）被报道，但其分布范围东北部分尚无叶绿体基因组数据可用。

结果

采用高通量基因组测序技术对中国东北地区的柴胡进行了测序。完整叶绿体基因组完成了组装和注释，随后使用最大似然法进行了系统发育分析。结果表明，该叶绿体基因组长度为 155,932 bp，GC 含量为 37.7%。完整叶绿体基因组包含 114 个唯一基因，其中包括 80 个蛋白质编码基因、30 个 tRNA 基因和 4 个 rRNA 基因。系统发育树表明，本研究中的样本（PV989638）与先前发表的柴胡数据（NC_046774）紧密聚类，支持这两个登录号之间的高序列相似性。