整合全球与中国数据构建扩展人类环病毒系统发育基因组资源及核心群落特征解析

《Microbiome》：Defining the genomic and ecological landscapes of the human anellome

　　# 摘要## 背景人类环病毒（Human anelloviruses, ANVs）是人类病毒组中最多样化、最普遍且最持久的病毒群落之一，构成共生病毒生态系统的核心成员。尽管ANVs无处不在，且已有新兴证据表明其与免疫调节和血液系统恶性肿瘤相关，但人类ANV病毒组（环病毒组，anellome）的基因组多样性与群落组织仍未能被完整解析。这一局限部分源于参考数据集的碎片化、分类学注释的不一致性以及地理覆盖不足，尤其是在亚洲人群中的代表不足。因此，需要构建地理覆盖更广的参考体系和标准化分析框架，以在物种水平和谱系水平对人类的环病毒组进行表征。## 结果我们将来自6348例中国样本的宏基因组测序数据与全球可用的ANV基因组进行整合，构建了一个扩展的人类环病毒系统发育基因组资源。这一整合提升了亚洲人群的代表性，并将所表征的人类ANV多样性扩展至771个物种水平分类单元，包括91种国际病毒分类委员会（ICTV）认可的人类相关物种和680种暂定新种（provisional new species, PNS），相当于所表征的物种水平多样性扩展了约八倍。该框架实现了个人环病毒组的高分辨率表征。最丰富的个体图谱包含305个物种水平分类单元和2071条谱系，表明在扩展参考框架下，宿主内存在广泛的ANV多样性。在分析的队列和公共元数据中，我们鉴定出了反复出现的核心环病毒组组分，其特征为高检测频率、高丰度、广泛的地理代表性、跨队列可重复性和纵向持久性。若干核心谱系在HIV感染个体中显示出与CD4 T细胞计数的显著负相关。配对的周边血单个核细胞（PBMC）和血浆分析进一步揭示了与区室相关的多样性、组成和谱系富集的差异。在该框架内，与TTMV::RARA相关的*Betatorquevirus*类群相较于背景类群表现出更高的ORF2保守性、RUNX1基序富集以及偏向PBMC的分布特征。## 结论这些发现支持人类环病毒组是一个具有结构化特征的共生病毒群落，可在物种水平和谱系水平进行解析。HANVdb资源提供了一个可重复使用的框架，用于研究ANV多样性、环病毒组生态学、免疫相关变异、区室组织以及与病毒整合相关疾病相关的谱系水平假说。**视频摘要**