用于检测不同环境基质中欧洲Armillaria属和Desarmillaria属菌的多重物种特异性实时PCR检测方法

《Journal of Plant Pathology》：Multiplex species-specific real-time PCR assays for the detection of European Armillaria spp. and Desarmillaria spp. in different environmental substrates

摘要

阿米拉里亚（Armillaria）根腐病是由Armillaria和Desarmillaria属的担子菌引起的，影响着全球众多农作物和森林树木。在欧洲，已发现7个物种，分别是Armillaria mellea、A. ostoyae、A. gallica、A. borealis、A. cepistipes、Desarmillaria ectypa和D. tabescens。这些真菌会侵袭树木的根部以及树干基部（树皮和木质部分）。样品严重受损时，可能会影响对Armillaria和Desarmillaria菌种的准确诊断。随着病情的发展，由于腐生真菌和细菌的大量滋生，成功分离病原菌的难度也会增加。实时聚合酶链反应（qPCR）因速度快、特异性强，并且能够在包括高度降解的样本在内的多种基质中检测目标DNA，已成为植物病原体诊断的黄金标准。本研究旨在针对欧洲的Armillaria和Desarmillaria物种开发7种特异性检测方法，同时还设计了一种能检测这两个属的通用检测方法。研究人员利用从公共基因组资源中获得的内部转录间隔区（ITS）、基因间间隔区（IGS）和4个单拷贝基因来设计特异性qPCR寡核苷酸。为了便于实际应用，根据这些菌种在欧洲的分布频率，将各特异性检测方法分为两组进行组合检测，同时确保了检测的准确性和灵敏度。新诊断方法在对疑似Armillaria/Desarmillaria感染的法国森林环境样本中进行测试，结果证实了它们在识别导致根腐病的不同菌种方面的有效性。由于致病行为（是否为主动侵袭或机会性感染）取决于Armillaria的具体物种，这些工具对于改善森林健康监测和诊断具有重要意义。