芸薹属油料作物泛基因组结构变异全景解析及其在同源基因表达调控与种子品质变异中的驱动机制

《Nature Communications》：Transposable element-mediated structural variations shape gene expression and agronomic trait diversity in Brassica napus

【字体：大中小】 时间：2026年10月12日 来源：Nature Communications 18.1

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　　摘要芸薹属油料作物（Brassica napus）是全球重要的异源四倍体油料作物，具有复杂的基因组和广泛的结构多样性，但目前对其基因组特征的认识尚不完全。本文提供了中科11号（ZS11）和Westar的无间隙参考基因组组装，并对另外6个种质材料进行了组装。我们统一了22个基因

摘要

芸薹属油料作物（Brassica napus）是全球重要的异源四倍体油料作物，具有复杂的基因组和广泛的结构多样性，但目前对其基因组特征的认识尚不完全。本文提供了中科11号（ZS11）和Westar的无间隙参考基因组组装，并对另外6个种质材料进行了组装。我们统一了22个基因组的基因注释，开发了BnaScope（https://rgmi.hzau.edu.cn/bnascope）——一个以基因为中心的基因组学平台。基于基因和基于图的泛基因组分析鉴定了123,107个非冗余基因簇和188,218个结构变异，其中包括112,417个转座子介导的结构变异（TEMSVs）。TEMSVs在An和Cn亚基因组之间呈不对称分布，并与同源基因表达失衡加剧相关，尤其是CDS-TEMSVs。基于结构变异的基因组关联分析鉴定了与种子品质性状相关的候选基因，功能分析表明BnaPYRDs负调控种子中硫代葡萄糖苷的含量。这些发现确立了结构变异是芸薹属植物（B. napus）中同源基因表达调控和种子品质变异的重要驱动因素。