黎巴嫩阿瓦西羊的线粒体母系遗传多样性与内源性逆转录病毒插入谱分析

《Scientific Reports》：Mitochondrial and retroviral markers reveal high genetic diversity and regional structure in the Lebanese Awassi sheep

　　

摘要

阿瓦西羊是黎凡特地区主要的牲畜遗传资源之一，但黎巴嫩种群的母系和插入性逆转录病毒背景仍缺乏充分记录。我们采用线粒体细胞色素 b (CytB) 测序和内源性羊 Jaagsiekte 逆转录病毒 (enJSRV) 插入谱分析，对来自黎巴嫩的 277 只阿瓦西羊和两个叙利亚羊群进行了分析。1034 碱基对长度的 CytB 比对序列识别出 86 个母系单倍型，归类于 A、B、C 和 E 单倍群，具有高单倍型多样性，且 A 和 B 谱系占主导地位。逆转录病毒谱分析显示 enJSRV-18 固定化，且 R2 逆转录型占主导，而地中海 R4 逆转录型在海滨和南部地区富集，与区域基因流一致。在 enJSRV-6 位点，超过一半的动物携带独立的长末端重复序列 (LTR) 等位基因，表明一个古老的重组事件已在多个黎巴嫩羊群中持续存在。总之，这些标记揭示了一个遗传多样的阿瓦西种群，受分层母系起源、历史交流和近期羊群管理塑造，为保护和未来全基因组研究提供了基线。