GlycoStamp-seq：结合代谢糖工程与单细胞多组学测序表征肿瘤免疫微环境中新生唾液酸糖蛋白动力学的方法

《Nature Communications》：GlycoStamp-seq: Single-cell nascent sialoglycometabolomics captures sialylation dynamics in immune cells of an oxaliplatin-treated bladder cancer mouse model

摘要

免疫细胞表面糖蛋白的动态重塑反映了细胞状态和免疫活性。尽管单细胞糖谱分析已取得进展，但现有方法主要捕获的是预先存在的糖表位，对动态唾液酸糖蛋白所提供的信息有限。在此，我们提出了GlycoStamp-seq，一种将基于Ac?ManNAz的代谢糖工程与单细胞RNA/TCR测序（scRNA/TCR-seq）及scDyna-seq相结合，用于表征新生唾液酸糖蛋白动力学的方法。我们将GlycoStamp-seq应用于接受奥沙利铂治疗并带有皮下膀胱肿瘤的小鼠，通过注射Ac?ManNAz，并在数天后提取肿瘤来源的单细胞悬液进行测序。奥沙利铂治疗后，肿瘤免疫微环境中的部分CD8? T细胞表现出新生唾液酸糖蛋白活性升高、效应程序增强以及克隆扩增增加。此外，新生唾液酸糖蛋白水平的升高标记了在体外和体内具有更强抗肿瘤效能的抗原反应性CD8? T细胞。因此，GlycoStamp-seq有望作为一种通用平台，用于表征复杂组织中新生的唾液酸糖蛋白动力学，从而扩展单细胞多组学工具，并为治疗反应期间的唾液酸糖蛋白动态变化提供新的见解。