《Leukemia Research》：NGS-Based Retrospective Profiling of
BCR::ABL1 Kinase Domain Mutations in Chronic Myeloid Leukemia: Findings from the Largest South Asian Cohort
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•据我们所知，本研究代表了基于扩增子测序检测南亚人群慢性髓性白血病（CML）患者 ABL1 激酶结构域突变的最大规模突变谱分析。•在 1,193 名 CML 患者中，29.5% 检测到 BCR::ABL1 激酶结构域突变，且在疾病晚期阶段显著富集。•男性突变阳性率高于女性（3
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据我们所知，本研究代表了基于扩增子测序检测南亚人群慢性髓性白血病（CML）患者 ABL1 激酶结构域突变的最大规模突变谱分析。
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在 1,193 名 CML 患者中，29.5% 检测到 BCR::ABL1 激酶结构域突变，且在疾病晚期阶段显著富集。
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男性突变阳性率高于女性（31.5% 对 26.3%），且在 41–60 岁患者中最常见（32.2%）。
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T315I 突变是最普遍的 alterations，与加速期和急变期 CML 有强烈关联，突出了其在酪氨酸激酶抑制剂（TKI）耐药和疾病进展中的作用。
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基于突变的 TKI 转换改善了临床结果，55% 的突变阳性患者在治疗修改后达到主要分子学反应。
引言
根据世界卫生组织的定义，慢性髓性白血病（CML）是一种髓系增殖性肿瘤，其特征是存在费城染色体 t(9;22)(q34;q11.2)，该染色体产生 BCR::ABL1 融合基因——这是驱动细胞失控增殖和白血病发生的标志性分子事件 [1]。该融合基因的形成是 CML 发病机制的关键驱动力，导致产生组成性活性致癌激酶，促进疾病进展 [2]。慢性髓性白血病（CML）通过三个阶段进展：慢性期（CP）、加速期（AP）和急变期（BC）。慢性期是最常见的诊断阶段，通常可通过酪氨酸激酶抑制剂（TKI）治疗有效控制 [3]。
靶向 BCR::ABL1 融合蛋白的酪氨酸激酶抑制剂（TKIs）的出现改变了 CML 的治疗格局，与其他髓系恶性肿瘤相比，显著改善了长期预后 [3]。尽管取得了这些进展，但部分患者对 TKI 产生耐药，这可能通过 BCR::ABL1 依赖性和非依赖性机制产生，增加了疾病进展至加速期（AP）或急变期（BP）的风险。疾病进展通常由额外的遗传和表观遗传异常驱动，特别是涉及染色质修饰和 DNA 甲基化的基因。虽然 TKIs 显著改善了预后，但 20–30% 的患者因 BCR::ABL1 激酶结构域（KD）突变而发展出耐药性，这些突变阻碍了 TKI 结合，需要调整治疗。不幸的是，即使引入了各种挽救治疗，包括异基因干细胞移植，进展至急变期（BP）患者的生存率仍与 TKI 时代之前的观察结果相当 [4]。
为此，已开发出三代 TKIs，每代对 BCR::ABL1 KD 突变具有明确的敏感性和耐药性谱。然而，克服耐药仍然是一个挑战，因为无法有效抑制 BCR::ABL1 并清除突变细胞会导致疾病进展和额外突变。Sanger 测序是检测 BCR::ABL1 KD 突变的金标准，敏感性为 15–20%，而 NGS 提供了更高的敏感性，能够实现早期检测，从而改善患者分层和治疗预测。
高通量技术的最新进展使得对髓系恶性肿瘤突变景观的研究成为可能。下一代测序（NGS）凭借其更高的敏感性、通量以及量化突变负荷的能力，为 BCR::ABL1 KD 突变筛选提供了 Sanger 测序的有力替代方案 [5], [6]。研究表明，Sanger 测序检测到的突变可能仅代表更广泛突变景观的一小部分。NGS 提供了更全面的突变谱，揭示了 Sanger 阈值以外的低频突变，并提供了克隆结构的见解。在复合突变的情况下，NGS 有助于阐明复杂的克隆构型，并能比 Sanger 测序提前数月检测出新兴的 TKI 耐药突变。纵向研究表明，在二线达沙替尼或尼洛替尼治疗中复发的 CML 和费城染色体阳性（Ph+）ALL 患者中，NGS 在早期治疗样本中识别出耐药突变，从而改善了治疗决策 [7], [8]。
鉴于下一代测序（NGS）检测 BCR::ABL1 KD 突变的高通量能力，来自南亚的大规模分子谱分析研究仍然有限。据我们所知，本研究代表了基于扩增子测序检测南亚人群 CML 患者 ABL1 激酶结构域突变的最大规模突变谱分析。这项大规模调查旨在深入了解突变模式及其在 TKI 反应和耐药中的临床意义。通过阐明特定 ABL1 突变的患病率，本研究希望为 CML 的突变景观提供有价值的见解，促进更好的治疗策略并增强对 TKI 耐药发展的预测。此外，这项工作评估了这些突变的频率与治疗结果之间的相关性，可能指导 CML 管理中更个性化的治疗干预。
章节摘要
患者样本：样本量和详细信息
基于向我们的实验室转诊进行 BCR::ABL1 KD 突变检测的 1193 名血液恶性肿瘤患者的数据，进行了一项回顾性研究。CML 诊断基于分子诊断采样时的临床、血液学和细胞遗传学特征确立。进行扩增子测序以评估 CML 患者持续 TKI 治疗中疑似的 BCR::ABL1 KD ABL1 耐药性。本回顾性研究利用了完整的
患者队列和诊断类别
共有 1,193 名疑似或确诊为不同血液恶性肿瘤的患者接受了下一代测序（NGS）基因分析。这项综合分析旨在识别与疾病进展和治疗反应相关的突变，特别是在慢性髓性白血病（CML）中。
在分析的队列中，416 名患者（34.9%）被诊断为慢性髓性白血病（CML）。该组进一步按疾病阶段分层：223 名患者（18.7%）
讨论
在这项涉及 1,193 名血液恶性肿瘤患者（包括 416 名诊断为慢性髓性白血病（CML））的大型队列研究中，我们使用下一代测序（NGS）评估了 BCR::ABL1 KD 突变的患病率和临床影响。我们的发现支持了 BCR::ABL1 KD 突变在驱动酪氨酸激酶抑制剂（TKI）耐药中的关键作用，并突出了基于突变的 Treatment 选择的价值。
与早期研究一致，总体 ABL1
结论
目前来自南亚人群的研究结果得出结论，BCR::ABL1 KD 突变，特别是 T315I，与晚期 CML 阶段和 TKI 耐药密切相关，而其他突变（包括 M244V, F317L, E255K 和 Y253H）未观察到与疾病进展的显著关联。基于 NGS 的突变分析能够实现早期检测，并允许临床医生调整个性化治疗方案，从而提高更早达到分子反应的可能性。
CRediT 作者贡献声明
Bali Jagmohan: 撰写 – 审阅与编辑，撰写 – 初稿，形式分析，数据整理。Ritika Chauhan: 撰写 – 审阅与编辑，形式分析，数据整理，概念化。Suresh Shruthi: 撰写 – 审阅与编辑，监督。Sakthivel Murugan: 监督，资源。
致谢
我们非常感谢印度班加罗尔 Medgenome Labs Ltd. 提供的全力支持。
数据可用性声明
本研究中使用和/或分析的数据集可通过合理请求从通讯作者处获取。
Jagmohan Singh Bali|Ritika Chauhan|Shruthi Pannayanapalya Suresh|Sakthivel Murugan
