基于下一代测序指导与无克隆筛选的原代细胞特异性抗体发现新流程

《Scientific Reports》：Antibody discovery from phage libraries lacking clear target-cell-selective enrichment through NGS-guided search space definition and cloning-free binding screening

摘要

针对原代细胞或瞬时细胞状态的抗体发现仍然具有挑战性，因为传统的基于细胞的噬菌体展示依赖于克隆富集，当特异性结合分子无法成为优势群体时，该方法可能失效。本研究提出了一种适用于噬菌体文库中缺乏明确靶细胞选择性富集情况的抗体发现工作流程，该流程整合了基于下一代测序（NGS）指导的候选搜索空间定义以及无克隆的抗体重建与筛选。利用饮食诱导的MASH小鼠模型中分离的疾病相关CD11c?F4/80?巨噬细胞，我们发现，即使增加了筛选严格程度，传统淘选在噬菌体库水平上仍未产生明确的靶细胞选择性富集。尽管NGS分析显示文库多样性降低和克隆频率出现细微变化，但并未出现优势克隆。相反，将预定义的筛选标准应用于NGS数据，能够鉴定出一组可操作的候选抗体。通过无克隆工作流程直接重建和筛选这些选定的序列，获得了具有可测量靶细胞结合能力的抗体。经IgG转化后，选定的抗体显示出适度的靶细胞偏好性结合，其中两种抗体还可对MASH相关的炎症病变进行染色。本研究为在观察不到明确库水平富集的情况下，提供了一种实用的NGS指导框架，用于候选优先排序和功能筛选。