Pep2Net：一个用于计算机肽设计的综合平台

《Genome Biology》：Pep2Net: an integrated peptide knowledge base and cross-attention model for multi-task prediction of peptides

　　

摘要

计算机肽设计受到碎片化数据库以及将语义特征与理化特征分离的模型的阻碍。我们提出Pep2Net，一个解决这些问题的综合平台。首先，我们开发了Pep2Net-DB，将52种肽资源整合为一个受本体论启发的知识库。其次，我们开发了Pep2Net-XAtt，这是一个利用交叉注意力机制和低秩双线性池化来融合蛋白质语言模型嵌入与理化描述符的多任务模型。Pep2Net-XAtt在细胞渗透性肽、抗癌毒性肽和多功能肽的预测方面达到了最佳性能。通过Pep2Net Web可访问，该框架为大规模肽表征与设计提供了统一工具。