金鲳鱼雌雄个体端粒到端粒无缺口染色体水平参考基因组的构建

《Scientific Data》：Telomere-to-telomere (T2T), gap-free assembly of male and female golden pompano (Trachinotus ovatus) reference genomes

　　

摘要

金鲳鱼（Trachinotus ovatus）属于鲹科的一种海洋鱼类，地理分布广泛，且具有极强的恶劣环境适应能力。我们构建了金鲳鱼雄性和雌性两套端粒到端粒、无缺口的参考基因组，这些基因组是未来研究阐明环境适应遗传基础以及提高水产养殖生产力的重要资源。通过结合牛津纳米孔技术（ONT）超长读长和PacBio HiFi读长测序数据，我们组装了24条染色体，且无任何缺口。雄性金鲳鱼基因组大小约为642.56 Mb，雌性约为644.01 Mb，N50长度分别为28.02 Mb和28.45 Mb。BUSCO评估完整度结果显示，雄性约98.8%，雌性约99.2%，表明两套基因组均具有高度完整性。我们还从雄性和雌性个体中分别获得了24,624和24,169个蛋白编码基因。T. ovatus两套可用的无缺口、染色体水平基因组为解答核心生物学问题提供了精确参考，包括生长速率、抗病性和饲料转化率等重要经济性状的遗传基础，以及胁迫耐受性和生殖性能背后的分子机制，并将直接推动关键养殖技术的发展，从而提升金鲳鱼养殖的效率和可持续性。