MCAREDB：首个整合小鼠心脏再生单细胞RNA测序数据的在线数据库

《Scientific Reports》：Mouse Cardiac Regeneration Database (MCAREDB): a single-cell atlas of neonatal cardiac regeneration in mice

摘要

成年哺乳动物心脏表现出极小的再生能力，限制了大多数心脏修复。相比之下，新生小鼠在出生后的一小段时间内仍保留再生心脏组织的能力。尽管单细胞和单核 RNA 测序（sc/snRNA-seq）加深了我们对这一再生窗口的理解，但现有数据集仍分散在不同的研究中，阻碍了整合性和比较性分析。为了填补这一空白，我们开发了小鼠心脏再生数据库（MCAREDB），这是第一个自由访问的、基于 Web 的资源，整合并可视化了多项小鼠心脏再生研究中的 sc/snRNA-seq 数据集。MCAREDB 使得能够在关键生物学背景下进行细胞类型特异性的差异基因表达和通路富集探索，包括再生与非再生阶段以及假手术与心肌梗死。核心功能包括带有表观遗传轨道的交互式基因组浏览器、比较基因表达可视化、空间转录组学界面、通路富集分析以及批量数据下载选项。通过将多种数据集整合到统一且交互式的框架中，MCAREDB 降低了数据探索的技术壁垒，并加速了心脏再生研究中的假设生成。