中国本地牛全基因组测序揭示东亚牛种的历史混血、群体结构与适应性进化

《Genome Biology》：Extensive admixture and introgression shape genetic diversity and evolutionary adaptation in indigenous East Asian cattle

摘要

背景

东亚本地牛种复杂的渗入历史是其多样性显著丰富的根源。表征这种多样性是理解其适应东亚农业系统的基因组基础的关键步骤。然而，东亚本地牛种的进化历史一直鲜有记载。

结果

在此，我们提供了迄今为止最大的短读长全基因组测序数据集，包括来自不同地理区域的55个品种/群体的802头中国本地牛，以解析该代表性不足群体的群体结构、遗传起源和生物学适应性。我们鉴定出中国牛中七个不同的遗传群体，它们受到了种间和种内渗入的影响。我们回顾了亚洲牛科物种的渗入情况，并揭示了其在 China 牛中的地理分布特征。我们鉴定出在唐宋时期（公元894–1210年）发生的一次主要的瘤牛与短角牛混血事件，该事件促进了快速的本地适应，且主要影响免疫系统。此外，我们提供了一个全面的位点目录，涵盖东亚不同农业生态区中经历分歧选择的位点，包括与耐寒性、耐热性和肉产量相关的基因。

结论

我们的研究结果表明，瘤牛与短角牛之间的混血，以及来自其他亚洲牛科物种的渗入，共同促成了东亚本地牛种的适应性进化。

背景

东亚本地牛种复杂的渗入历史是其多样性显著丰富的根源。表征这种多样性是理解其适应东亚农业系统的基因组基础的关键步骤。然而，东亚本地牛种的进化历史一直鲜有记载。

结果

在此，我们提供了迄今为止最大的短读长全基因组测序数据集，包括来自不同地理区域的55个品种/群体的802头中国本地牛，以解析该代表性不足群体的群体结构、遗传起源和生物学适应性。我们鉴定出中国牛中七个不同的遗传群体，它们受到了种间和种内渗入的影响。我们回顾了亚洲牛科物种的渗入情况，并揭示了其在中国牛中的地理分布特征。我们鉴定出在唐宋时期（公元894–1210年）发生的一次主要的瘤牛与短角牛混血事件，该事件促进了快速的本地适应，且主要影响免疫系统。此外，我们提供了一个全面的位点目录，涵盖东亚不同农业生态区中经历分歧选择的位点，包括与耐寒性、耐热性和肉产量相关的基因。

结论

我们的研究结果表明，瘤牛与短角牛之间的混血，以及来自其他亚洲牛科物种的渗入，共同促成了东亚本地牛种的适应性进化。