FAPROTAX2-db：原核微生物表型功能注释数据库的全面升级

《Scientific Data》：FAPROTAX2-db: A dataset of experimentally validated bacterial and archaeal metabolic functions

　　

摘要

非培养依赖的测序技术，包括16S rRNA标记基因测序和宏基因组学，已经彻底改变了我们对细菌和古菌多样性的认识，并凸显了原核生物代谢在生态系统功能中的重要性。系统收集实验验证的微生物表型记录，对于在生态背景下正确解读这些测序数据至关重要，但现有的微生物表型数据库（包括广泛使用的FAPROTAX）要么在分类学和生态学范围上有限，要么已经过时。在此，我们提出了FAPROTAX2-db（原核生物分类功能注释第二版）数据集，这是对原始版本的全面升级，具有显著提升的分类学广度和分辨率，减少了分类学和环境偏差，并增加了额外的代谢功能。FAPROTAX2-db包含超过15,600种已培养原核生物物种在101项生态重要功能上的有/无数据，这些数据从实验文献中手工整理而成。我们期望FAPROTAX2-db能够扩展我们分析和建模微生物表型在分类学和系统发育上分布的能力，阐明其与基因组内容的关系，并能为新物种做出表型预测。