GenoCLAMP：一种将冗余转录因子基序整合为高质量合并矩阵的基因组聚类基序特征对齐算法

《Genome Biology》：GenoCLAMP: consolidation of sequence motifs from genomic-scale data

　　

摘要

全基因组蛋白质-DNA图谱研究已产生了数千个富集的序列基序，其中许多基序存在冗余，因为转录因子（TFs）会以不同的复合物形式协同结合到共享位点。在此，我们提出了一种名为基因组聚类基序特征对齐（GenoCLAMP）的算法，该算法将基序聚类与序列比对相结合，将冗余基序整合为高质量合并矩阵表示。我们证明GenoCLAMP能够可靠地恢复已知结合共同基序的转录因子复合物，并为先前未表征的基序提供了证据。这些结果确立了GenoCLAMP作为基序整合的稳健且高效的框架，增强了对大规模转录因子-DNA结合数据集的计算分析和生物学解释。