玻璃化冻融应激对猪卵丘细胞转录组调控的影响及ceRNA网络构建

《BMC Genomics》：Whole-transcriptome profiling of cumulus cells from vitrified porcine immature oocytes reveals candidate ceRNA regulatory networks

　　# 摘要## 背景卵丘细胞（CCs）已知在驱动减数分裂恢复和协调猪卵母细胞成熟过程中发挥调节作用。然而，其在玻璃化冻融应激条件下对卵母细胞发育的作用尚不明确。## 结果本研究采用全转录组测序，比较了体外成熟后来自新鲜和玻璃化冷冻的猪卵丘卵母细胞复合物（COCs）中卵丘细胞来源的环状RNA（circRNAs）、长链非编码RNA（lncRNAs）、微小RNA（miRNAs）和信使RNA（mRNAs）的表达差异。结果显示，共有2,603个差异表达的mRNAs（DEmRNAs）、27个DEmiRNAs、511个DElncRNAs和89个DEcircRNAs。对这些RNA或其靶基因进行基因本体（GO）分析发现，它们富集于多个过程，包括细胞骨架组织、细胞周期、磷酸化、细胞凋亡和应激颗粒组装。京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析显示，这些基因涉及多条通路，包括丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、细胞衰老、卵母细胞减数分裂、肌动蛋白细胞骨架调节、ErbB信号通路和细胞周期。此外，构建了一个假定的ceRNA网络，其中涉及27个lncRNAs、8个circRNAs、5个miRNAs和49个mRNAs，并鉴定出miR-9843-3p、miR-425-5p、miR-140-5p、miR-451和miR-664-5p为该网络中的潜在候选调控因子。从构建的预测ceRNA网络中筛选出4个mRNAs、4个miRNAs、4个lncRNAs和4个circRNAs进行qRT-PCR验证，其表达趋势与RNA-seq结果高度一致，支持了转录组测序和生物信息学分析所鉴定的表达模式。对构建的预测ceRNA网络中涉及的mRNAs进行进一步富集分析发现，它们主要富集于重要细胞通路，包括Wnt信号通路、Hippo信号通路、ErbB信号通路、MAPK信号通路和mTOR信号通路。## 结论这些发现表明玻璃化冷冻对卵丘细胞中转录调控的影响，可为优化猪COCs玻璃化冻融技术提供候选分子线索。