鱼肠道来源溶细胞弧菌DCF12.2菌株的基因组表征及其抗菌活性与后生元应用潜力评估

《Applied Microbiology and Biotechnology》：Genomic and phenotypic characterization of Vibrio proteolyticus and its postbiotic potential

　　

摘要

Vibrio proteolyticus DCF12.2菌株分离自比目鱼Dicologlossa cuneata的肠道，通过整合基因组和表型分析对其进行了表征，以评估其抗菌活性、生物合成潜力以及与耐药性和毒力相关的特征。基于基因组的分析支持了其归入V. proteolyticus的分类，并鉴定出与芳基多烯、非核糖体肽（NRP）-金属卟啉/两栖菌素、海胆碱以及核糖体合成并翻译后修饰肽/非核糖体肽合酶（RiPP-/NRPS）样途径相关的生物合成基因簇，同时还发现大量预测的抗菌肽候选物。其耐药组主要由染色体上的外排相关和靶标相关的决定因子组成，而毒力相关的命中位点则主要局限于与运动性、趋化和分泌相关的功能。基因组中还含有与Photobacterium damselae亚种piscicida和Vibrio harveyi中已描述蛋白质同源的序列，以及三个前噬菌体区域和多个基因组岛（GIs）。表型实验表明，该菌株和/或其胞外产物（ECPs）能够抑制P. damselae亚种damselae、V. harveyi和Aeromonas hydrophila。ECPs对P. damselae亚种damselae的抑制活性在37°C孵育后以及酸化至pH 5后仍然保持。综上所述，尽管该菌株表现出抗菌活性和其他使其符合益生菌候选条件的特征，但由于某些毒力因子的存在，它更适合作为后生元使用。

要点

• DCF12.2具有广泛的抗菌化合物生产的基因组潜力

• 胞外产物可抑制重要的水生细菌病原体

• 毒力相关特征支持使用后生元而非益生菌途径