小熊猫肠道微生物组参考基因组数据集的构建

《Scientific Data》：A red panda gut microbiome genome catalog from PacBio HiFi and short-read metagenomes and isolates

　　

摘要

小熊猫（Ailurus styani）是一种以竹子为食的动物，其消化道结构类似于肉食性动物；然而，关于这种动物肠道微生物组的基因组研究资料仍然十分有限。在此，我们提出了一个针对小熊猫肠道微生物组的参考基因组数据集，该数据集融合了短读长宏基因组、PacBio HiFi宏基因组以及培养分离的菌株基因组。我们收集了来自四个地理区域的49份肠道宏基因组数据，其中包括37份公开的宏基因组和12份新测序的Illumina宏基因组（总数据量约为351.73 Gbp），同时还获得了9份PacBio HiFi宏基因组（总数据量约为203.63 Gbp）。通过对12份粪便样本进行培养分析，我们得到了12,300个菌落，进而提取了51个可用于全基因组测序的菌株。经过质量筛选和进一步的分类学鉴定后，共有551个宏基因组组装基因组和菌株基因组在99%的平均核苷酸一致性水平（ANI）下进行了去重复处理，最终得到了442个具有代表性的细菌基因组（其中396个来自宏基因组组装，46个来自分离的菌株）。在整个代表性基因组集合中，基因组完整性的中位数估计值为86.2%，污染率中位数为0.75%。该数据集为小熊猫肠道微生物组的分类学分析及基于基因组信息的比较研究提供了重要的基因资源。