Oxford Nanopore直接RNA测序数据集：淀粉样蛋白相关阿尔茨海默病小鼠模型的转录与转录后分析

《Scientific Data》：A Comprehensive dRNA-Sequencing Dataset of Aβ42-Induced and APP/PS1 Transgenic Mice Modeling for Early Alzheimer’s Disease

　　

摘要

阿尔茨海默病涉及复杂的转录和转录后改变，这些改变无法被常规短读长RNA测序完全捕捉。在此，我们展示了一个从24个小鼠脑样本中生成的Oxford Nanopore直接RNA测序数据集，这些样本代表两种互补的淀粉样蛋白相关病理模型及其匹配的对照。该数据集包含每组六个生物学重复，包括三只雄性和三只雌性：8周龄C57BL/6对照小鼠、Aβ1-42注射的C57BL/6小鼠、4月龄C57BL/6对照和年龄匹配的APP/PS1转基因小鼠。天然RNA在Oxford Nanopore PromethION平台上进行测序，每样本生成约650万至950万条reads和8.0至10.8 Gb的序列数据。平均读长约为1.2至1.4 kb，N50值为1.86至2.23 kb，平均读长质量评分高于Q19。Reads比对到Mus musculus GRCm39参考基因组，平均比对率为88.2 ± 3.5%。该资源包括原始信号和碱基调用测序数据、基因组比对、转录本注释、转录本丰度矩阵、poly(A)相关输出以及综合的样本元数据。主成分和相关性分析支持了生物学重复之间的可重复性和实验组间的区分。该资源支持转录本和异构体水平的表达分析、选择性剪接研究、poly(A)尾分析、RNA修饰分析，以及急性和慢性淀粉样蛋白相关分子反应的比较研究。