无细胞染色质表观基因组液体活检揭示跨组织与疾病关联的调控遗传效应

《Nature Communications》：Circulating chromatin reveals effects of disease-associated variants on gene regulation

　　人类遗传学面临的一项基本挑战是确定调控遗传变异如何塑造复杂性状和疾病风险。染色质定量特征位点可以将疾病相关变异与调控元件活性联系起来，但在与疾病相关的组织中大规模绘制这些位点仍然具有挑战性。我们利用表观基因组液体活检技术，通过对328名癌症患者和38名健康个体循环染色质中的组蛋白修饰进行检测，识别出无细胞染色质定量特征位点。这些位点影响来自多种非血液组织的调控元件活性，以及癌症中被重新激活的发育限制性元件。通过顺式基因组关联研究，我们将4891个位点与1011个性状和疾病关联起来。在白细胞中不存在的发育限制性位点每100个定量特征位点关联22.7个性状，而白细胞限制性染色质定量特征位点仅关联0.58个性状。研究表明，无细胞染色质能够高效、可扩展地发现跨组织、疾病和人群的调控遗传效应。