基于基因组特征的根瘤菌分类学重评估与功能变异研究

《International Journal of Molecular Sciences》：Type-Strain-Anchored Phylogenomics Reveals Taxonomic Discordance and Functional Variation in Agrobacterium

　　

摘要

根瘤菌），使用了ANI、AAI、标准菌株dDDH比较以及基于120个细菌标记和42个核糖体蛋白的系统发育树进行分析。95%的ANI聚类结果识别出了29个根瘤菌fabacearum和根瘤菌leguminum和根瘤菌记录中，有148个KEGG模块在至少一个基因组中达到重建阈值，有58个模块在所有基因组中都达到该阈值。在全部432条记录的数据集中，174个基因组具有与Ti相关的标记特征，7个基因组具有与Ri相关的标记特征；tet(30)在29个基因组中被检测到。这些结果表明需要对现有的分类学归属进行重新评估，并将基因组分组与预测的功能谱系变化联系起来。