基于病毒组学的台湾黄瓜病毒群落动态变化及新兴病毒检测研究

《Viruses》：High-Throughput Virome Surveillance Reveals Emerging Viral Threats to Cucumber Production in Taiwan

　　摘要台湾的黄瓜（Cucumis sativus L.）生产日益受到昆虫传播病毒病害和复杂混合感染的威胁。本研究利用Illumina高通量测序（HTS）技术和病毒特异性逆转录–聚合酶链式反应，对台湾彰化县溪州乡商业网室生产系统中的病态黄瓜植株进行了调查。2022年开展的病毒组分析鉴定出五种此前已检测到的病毒，即黄瓜花叶病毒、黄瓜保加利亚潜伏病毒、葫芦作物黄化病毒（CCYV）、甜瓜黄斑病毒（MYSV）和西瓜银斑病毒（WSMoV），以及两种新出现的病毒，包括一种已知病毒——葫芦黄化病毒（CuCV），以及一种未表征的病毒，暂命名为黄瓜tymovirus病毒（CTyV）。已测定CuCV分离物XZ-C-1的完整基因组，其序列与此前报道的CuCV分离物高度相关。还获得了CTyV的5394 nt序列，显示其与最近的已知病毒亲缘病毒之间存在显著差异。重要的是，比较病毒检测显示，2022年（n = 34）与2025年（n = 30）之间多种病毒的检出率明显升高。MYSV仍保持高度流行（从100.0%降至90.0%），而WSMoV从2.9%急剧上升至96.7%，CCYV从11.8%上升至83.3%。CuCV和CTyV的检出率也分别从20.6%上升至53.3%和从8.8%上升至40.0%。此外，2025年采集的所有样本均携带两种至五种病毒，表明存在广泛的混合感染。这些结果揭示了台湾黄瓜生产系统中病毒群落的动态变化及日益复杂的状况，并突出了持续进行基于病毒组的监测对新兴病毒早期检测和综合病害管理策略开发的重要性。