简要摘要
猪流行性腹泻病毒（PEDV）会导致新生仔猪发生毁灭性水样腹泻，给养猪业造成重大经济损失。母猪的长期免疫接种可能施加持续的免疫压力，从而促进病毒进化及谱系间同源重组。在本项为期五年的纵向研究中，研究人员从中国广西某封闭式商业猪场分离获得了八株PEDV现场毒株。系统发育分析和重组分析表明，该猪群内存在明显的基因型时间转换：2021至2022年间，地方性G2d变异株占主导地位；2023年后，新型重组G2c毒株出现并占据优势。所有G2c分离株均源自场内本地G2d毒株与外源引入G2b分离株之间的自然同源重组。位于关键中和抗原表位中的固定氨基酸替换，结合系统性N-糖基化重塑，改变了PEDV的表面抗原谱，提示其可能具有体液免疫逃逸能力。本项长期现场调查描绘了猪场驻留PEDV的时间进化轨迹，并为合理更新疫苗毒株及针对猪流行性腹泻的定向场内防控提供了现场依据。
摘要
猪流行性腹泻病毒（PEDV）可引起仔猪严重的肠道疾病。刺突（S）基因是中和抗体的主要靶标，也是遗传变异的热区。本研究于2021至2025年间从中国广西某商业猪场获得了八条PEDV S基因序列。系统发育分析将所有序列归入G2基因型，并在不同时间点检测到G2c、G2d和G2b亚簇。重组分析在G2c序列中鉴定出序列水平的重组特征，其中G2b样和G2d样序列为亲本来源。多个氨基酸替换位于COE和SS2中和抗原表位内或其邻近区域，且在亚簇间观察到N-糖基化位点变异。结构预测表明，这些联合变化可能改变表面抗原特性并赋予免疫逃逸潜力，但仍需利用中和试验进行功能验证。这些发现为单一猪群内PEDV遗传进化与重组提供了现场证据，并支持合理的疫苗毒株评价和场内生物安全策略。
