《eBioMedicine》：A proteome-based classification of paediatric adrenocortical tumours links functional tumour states to clinical outcome and therapeutic vulnerabilities
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背景：儿童肾上腺皮质肿瘤（paediatric adrenocortical tumours，pACT）是罕见的内分泌肿瘤，以显著的生物学异质性和多变的临床行为为特征。当前的风险分层主要依赖组织病理学和临床分期，不能完全捕获潜在的肿瘤生物学。研究人员旨在定义基
背景：儿童肾上腺皮质肿瘤（paediatric adrenocortical tumours，pACT）是罕见的内分泌肿瘤，以显著的生物学异质性和多变的临床行为为特征。当前的风险分层主要依赖组织病理学和临床分期，不能完全捕获潜在的肿瘤生物学。研究人员旨在定义基于蛋白质组的pACT亚型，并评估其生物学、临床及治疗相关性。
方法：在这项回顾性队列研究中，研究人员对83例pACT和邻近非肿瘤肾上腺组织进行了基于质谱的蛋白质组学分析。进行了差异丰度分析、通路富集、共识聚类、生存分析和临床病理学相关性分析。使用前向特征选择和留一交叉验证（leave-one-out cross-validation，LOO-CV）推导了一个最小蛋白分类器。使用一个精选的药物可干预性框架评估了聚类特异的治疗脆弱性。
发现：肿瘤与邻近非肿瘤肾上腺皮质相比表现出深刻的蛋白质组差异，其特征为胆固醇生物合成、类固醇生成、MYC、mTORC1和细胞周期程序激活，以及细胞外基质、粘附及免疫相关通路抑制。无监督聚类确定了四种蛋白质组定义的肿瘤状态，这些状态仅与组织病理学诊断部分重叠。这些亚型在内分泌表型、血管侵犯、Ki67指数、坏死和总生存期方面存在显著差异（log-rank p = 0.00036）。不同的生物学程序包括基质-免疫富集、线粒体类固醇生成、IGF/mTOR驱动的合成代谢和高增殖染色质重塑状态。一个五蛋白分类器（DAAM2、CIP2A、TSC2、PALS2和P3H1）以92.8%的留一交叉验证准确度重现了聚类分配。聚类特异性分析确定了不同的治疗靶点景观，包括IGF轴和表观遗传脆弱性。
解释：蛋白质组学分析定义了生物学和临床上不同的pACT亚型，提供超出组织病理学的预后信息。该框架能够实现基于蛋白质组的分层，识别候选治疗脆弱性，并可通过五蛋白分类器近似。
**研究背景与意义**
儿童肾上腺皮质肿瘤（paediatric adrenocortical tumours，pACT）是罕见但极具挑战性的儿科内分泌恶性肿瘤，具有显著生物学异质性和多变的临床过程。目前的风险分层主要依据组织病理学标准（如Wieneke标准）和临床分期，但不能完全反映潜在肿瘤生物学，导致相似分期或形态的患者预后差异明显。既往基因组和转录组研究已揭示TP53、ATRX、CTNNB1突变、11p杂合性丢失及IGF2过表达等，但pACT在蛋白质组层面尚未得到系统研究。由于蛋白质组是接近细胞表型的分子功能层，能够整合上游遗传和转录调控的功能输出，因此开展深度蛋白质组学分析对建立基于功能的肿瘤分类、改善预后判断和发现治疗靶点具有重要意义。该研究发表在《eBioMedicine》。
**主要技术方法**
研究人员利用来自德国恶性内分泌肿瘤（MET）登记处的83例pACT肿瘤样本（来自72例患者）及43例邻近非肿瘤肾上腺皮质组织，进行了基于质谱的液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）蛋白质组学分析，平均每肿瘤定量8064个蛋白质。采用差异丰度分析、通路富集（包括超表征分析和基因集富集分析）、共识聚类、生存分析及临床病理相关性分析定义蛋白质组亚型；通过前向特征选择与留一交叉验证构建五蛋白分类器；并利用药物可干预性注释框架评估亚型特异的治疗靶点。
**研究结果**
*研究队列与pACT及邻近非肿瘤肾上腺组织的蛋白质组学分析*
研究人员分析了83例pACT和43例邻近非肿瘤肾上腺皮质样本，肿瘤样本平均检测到8064个蛋白质，对照样本为7123个，共定量10714个非冗余蛋白组。肿瘤样本的蛋白质组深度显著高于对照，表明该蛋白质组学工作流程在临床存档组织中具有较高检测能力。
*肿瘤与邻近非肿瘤肾上腺组织呈现不同的全局蛋白质组结构和广泛的差异蛋白丰度*
无监督降维和聚类显示，pACT与对照肾上腺皮质在蛋白质组层面完全分离。差异分析共发现1298个差异丰度蛋白（342个上调、956个下调）。通路富集显示，pACT中胆固醇生物合成、类固醇生成、MYC、mTORC1和细胞周期等程序被激活，而细胞外基质、粘附和免疫相关通路被抑制，表明pACT存在代谢和信号转导的整体重编程。
*肿瘤亚组间的蛋白质组异质性与肾上腺皮质谱系特征*
在ACC、ACA和ACX三种组织学类型中，蛋白质组差异仅部分对应组织学诊断。ACC相对ACA富集氧化磷酸化、线粒体呼吸和翻译等程序。沿ACA-ACX-ACC方向存在蛋白丰度的单调变化，但该趋势仅占次要变异成分，说明组织学分类不能完全代表肿瘤内在生物学。肾上腺皮质区域标志物分析显示，pACT部分保留或重构了肾上腺皮质谱系特征，例如共同表达类固醇生成核心蛋白（NR5A1、STAR、SCARB1等）。
*无监督聚类定义四种蛋白质组肿瘤亚型，具有不同功能程序和谱系特征*
共识聚类在肿瘤样本中稳定识别出C1-C4四个亚型，分别对应基质-免疫富集、线粒体类固醇生成、IGF/mTOR驱动的合成代谢和高增殖染色质重塑状态。C1富集吞噬和肌动蛋白重塑并显示M2巨噬细胞相关特征；C2富集氧化磷酸化和线粒体程序；C3显示胆固醇合成和mTORC1激活；C4以E2F、MYC和染色质重塑通路活化为主。这些亚型与组织学诊断仅部分重叠。
*基于蛋白质组的亚型反映不同的临床特征*
四个亚型在组织学诊断、年龄、内分泌表型、血管侵犯、Ki67指数、坏死和总生存方面差异显著。C1和C2以低增殖、低坏死和良好预后为特征；C3呈中高增殖；C4几乎全部为ACC，具有最高增殖指数和坏死率，预后最差。各亚型总生存差异有统计学意义（log-rank p=0.00036），且蛋白质组分层优于单纯组织学分层。
*临床可转化性：紧凑蛋白分类器和亚型特异性治疗靶点*
研究人员通过前向特征选择获得由DAAM2、CIP2A、TSC2、PALS2和P3H1组成的五蛋白分类器，其留一交叉验证准确率达92.8%，可近似重现全蛋白质组聚类结构。亚型特异性药物靶点分析显示，C3富集IGF1R等表面靶点，C4富集表观遗传调节因子和DNA复制相关靶点，提示不同亚型可能对IGF轴靶向治疗或染色质重塑/复制应激策略敏感。
**讨论与结论**
该研究证明，pACT不是单一组织学实体，而是由多种功能状态组成的疾病群。蛋白质组学能够捕获组织学无法分辨的生物学维度，并提供优于组织病理学的预后信息。五蛋白分类器和亚型特异性靶点景观尚需独立队列验证，但为未来开发临床可用的诊断工具和生物学指导的治疗策略奠定了基础。研究局限性包括回顾性设计、蛋白质组无法直接测量蛋白活化状态、TP53状态数据不完整等。研究人员最终得出结论：基于83例pACT的无监督蛋白质组分析定义了四种生物学和临床不同的肿瘤亚型，这些亚型可由五蛋白分类器近似，并具有亚型特异的治疗脆弱性，为蛋白质组指导的风险评估和精准治疗提供了概念框架。
