整合结构化接触数据的贝叶斯系统发育动力学模型在病原体传播推断中的应用

《Epidemics》：Phylodynamic inference of the contribution of transmission routes in infectious disease outbreaks

　　

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  扩展贝叶斯系统发育动力学模型 phybreak，以整合结构化接触数据。
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  同时推断传播树以及特定途径对传播的贡献。
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  对于稀疏但高风险的接触，能够准确估计归因于该接触类型的传播数量。
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  当接触类型更为普遍或具有更强的正相关性时，性能会下降。
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  接触数据提高了传播树推断的准确性，尤其是在仅靠遗传数据缺乏分辨力时。

Bastiaan R. van der Roest、Don Klinkenberg、Egil A.J. Fischer、Martin C.J. Bootsma、Mirjam E.E. Kretzschmar