晚期及复发性子宫内膜癌的基因组学特征分析：KRAS与TP53共存突变作为不良预后及治疗失败的生物标志物

《Gynecologic Oncology》：Genomic characterization of advanced and recurrent endometrial carcinoma: KRAS and TP53 co-mutation as a biomarker for adverse prognosis and therapeutic failure

　　# 摘要## 目的尽管治疗选择日益丰富，晚期或复发性子宫内膜癌（EC）的生存结局并未显著改善。我们进行了EC的分子特征分析，以识别治疗靶点和预后生物标志物。## 方法对67例EC患者（41例早期和26例晚期/复发性）的肿瘤样本进行了基于全外显子测序（WES）的体细胞突变谱分析。比较了早期与晚期/复发性EC之间体细胞突变的频率。还进行了拷贝数变异分析。根据突变状态分析了生存结局和复发情况。## 结果*TP53*和*KRAS*突变在晚期/复发性疾病中比早期EC更为常见。晚期EC中的缺失也更为常见（42.3% vs. 17.1%）。在晚期EC患者（*n* = 26）中，16例发生复发。复发型病例的*TP53*突变率显著高于非复发型（56.3% vs. 10%），而*PTEN*突变率则较低（25% vs. 80%）。*KRAS*和*CTNNB1*突变也倾向于富集。尽管*KRAS*突变单独仅在晚期EC中显示出总生存期缩短的趋势（*p* = 0.179），但*KRAS*-*TP53*共突变表现出最差的生存结局（*p* = 0.011）。*KRAS*-*TP53*共突变与化疗耐药相关：所有共突变病例均为化疗耐药，而未发生任一突变的患者则对化疗敏感。在拷贝数低（CNL）和微卫星不稳定性高（MSI-H）肿瘤（*n* = 46）中，*KRAS*-*TP53*共突变与不良生存结局显著相关（*p* = 0.003）。## 结论*KRAS*-*TP53*共突变是晚期EC预后不良和化疗耐药的潜在分子标志物。它可能有助于完善TCGA分类，特别是针对CNL和MSI-H亚组，并支持探索*KRAS*靶向治疗策略。---# 引言子宫内膜癌（EC）是发达国家中最常见的妇科恶性肿瘤，由于人口老龄化和肥胖相关危险因素，其全球发病率呈上升趋势 [1], [2]。尽管大多数患者在早期阶段被诊断并接受治疗后预后良好，但晚期和复发性EC仍然是主要的治疗挑战，占疾病相关死亡的大部分 [2]。尽管近期取得治疗进展，晚期和复发性EC患者的临床结局仍然不佳，且治疗选择有限 [1]。铂类化疗仍然是标准的一线治疗，而免疫检查点抑制剂的引入显著改善了疗效，特别是在错配修复（MMR）缺陷肿瘤中 [3], [4], [5], [6], [7], [8]。此外，仑伐替尼联合帕博利珠单抗在微卫星稳定性疾病中展现出具有临床意义的活性，抗体-药物偶联物（ADC）也作为有前景的治疗策略正在兴起 [1], [3]。然而，大多数晚期或复发性EC患者最终会发展出治疗耐药性，这凸显了对更精细分子分层和新治疗靶点的需求。癌症基因组图谱（TCGA）重新定义了EC的分子景观，鉴定出四种生物学上不同的分子亚组：聚合酶ε（POLE）超高突变型、微卫星不稳定性高突变型（MSI-H）/错配修复缺陷型（MMRd）、拷贝数低型（CNL）/无特定分子谱型（NSMP），以及拷贝数高型（CNH）/p53突变型肿瘤 [9]。这些分子亚组展现出独立的于传统组织病理学分类的预后差异。POLE突变型肿瘤预后最佳，而CNH/p53异常型肿瘤与最差临床结局相关 [10], [11]。MSI-H和CNL肿瘤表现为中等预后且存在显著生物学异质性 [10], [12]。该分子分类已在多个队列中得到验证，并被纳入2023年国际妇产科联盟（FIGO）分期系统，确立了其在EC管理中的核心地位 [13]。然而，基于TCGA的分类并不能完全捕捉晚期疾病的生物学复杂性 [14]。近期研究表明，与早期疾病相比，晚期EC以染色体不稳定增加和基因组改变比例较高为特征；然而，尚未一致地鉴定出与转移特异性相关的驱动突变 [14], [15]。因此，有必要开展进一步的研究，整合更详细的临床信息，以表征与不良预后和治疗耐药相关的突变谱，特别是在分子异质性较大的中等预后亚组（CNL和MSI-H亚组）中。在多种实体肿瘤中不断涌现的证据表明，*KRAS*-*TP53*共突变定义了一种生物学上更具侵袭性的分子亚型，其特征为肿瘤进展增强、免疫逃逸和治疗耐药 [16], [17], [18], [19], [20]。在EC中，约16%的病例检测到*KRAS*突变，主要存在于子宫内膜样组织学类型中，并与MSI-H/MMRd肿瘤存在显著重叠 [21]。虽然*KRAS*突变传统上与早期、高分化I型EC相关，甚至在早期疾病中可能赋予良好预后，但其在晚期和复发性疾病中的作用仍不完全清楚 [22], [23]。*TP53*突变是CNH分子亚型的特征，与高分级组织学类型、频繁的拷贝数改变（CNA）以及跨EC亚型的不良临床结局相关 [4], [24]。尽管*KRAS*和*TP53*是EC中最常改变的基因之一，但其在晚期和复发性疾病中共突变的临床意义仍未知。本研究旨在界定晚期子宫内膜癌中与不良预后和化疗耐药相关的突变谱，特别关注*KRAS*-*TP53*共突变，并通过整合基因组学与临床结局的分析进行深入探讨。---# 片段## 患者与样本收集纳入研究对象的为2013年至2023年间在单一医疗机构接受手术、且具有可用于研究分析的癌组织标本的子宫内膜癌患者。在获得伦理委员会批准（IRB No. EUMC 2019–08–037-003）后，共获取53例新鲜冷冻肿瘤组织（2019–2023）和14例福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样本（2013–2019）。对于对照样本，还收集了50对配对血液和17对配对正常组织样本。临床结局，## 患者特征本研究共纳入67例EC患者，包括41例早期和26例晚期（*n* = 24）或复发性（*n* = 2）EC患者（表1）。子宫内膜样组织学亚型为主要亚型（*n* = 56, 83.5%）。在术后管理方面，36例低复发风险的早期EC患者未接受辅助治疗。所有晚期或复发性EC患者中，除一例接受了同步放化疗外，其余均接受了## 讨论本研究表征了EC的基因组景观，并鉴定出*KRAS*-*TP53*共突变作为一种在晚期和复发性疾病中与特别不良结局相关的临床相关分子亚群。通过对67例EC患者进行WES分析，我们发现晚期和复发性病例中*TP53*和*KRAS*突变富集，且频繁发生缺失。值得注意的是，*KRAS*和*TP53*突变共现与显著较差的生存率和耐药性相关## 结论本研究证明，*KRAS*-*TP53*共突变是一种临床相关的分子标志物，与晚期和复发性EC的预后不良和化疗失败相关。这些突变的协同效应识别出了生存结局显著较差的高危亚群，即使是在传统上中等风险的分子亚组（如CNL和MSI-H）中也是如此。突变负荷与化疗耐药之间的逐步关系表明，*KRAS*-*TP53*## CRediT作者贡献声明**Sanghoo Lee：** 撰写 – 审阅与编辑，撰写 – 原稿撰写，可视化，方法学，调查，形式化分析，数据整理。**Kyeong-A So：** 撰写 – 审阅与编辑，撰写 – 原稿撰写，方法学，调查，概念化。**Soyeon Kim：** 撰写 – 审阅与编辑，撰写 – 原稿撰写，方法学，调查，数据整理。**Mi-Kyeong Lee：** 撰写 – 审阅与编辑，形式化分析，数据整理。**Yun Hwan Kim：** 撰写 – 审阅与编辑，资源，## 资金本工作部分由国家研究基金会（NRF）资助，基金编号为NRF-2019R1C1C1011178，由韩国政府（MSIT）提供资金；以及韩国健康产业发展研究院和福利部资助，基金编号为RS-2023-00262969。## 利益冲突声明作者声明不存在已知的可能影响本论文所报告工作的竞争性经济利益或个人关系。---Sanghoo Lee | Kyeong-A So | Soyeon Kim | Mi-Kyeong Lee | Yun Hwan Kim | Tae Jin Kim | Mi-Kyung Kim韩国京畿道龙仁市首尔临床实验室医疗公司