全似然基因组推断揭示了唯一已知单性生殖齿蜥(Liolaemus parthenos)的群体间杂交物种形成

《Evolution》：Full-likelihood genomic inference resolves intergroup hybrid speciation in the only known parthenogenetic pleurodont lizard (Liolaemus parthenos)

　　

摘要

杂交越来越被认为是重塑基因组并产生新谱系的重要进化过程。一个引人注目的结果是专性孤雌生殖种群的起源，这通常通过种间杂交实现。在本研究中，我们利用全基因组数据和合并模型重建了Liolaemus parthenos的进化历史，这是目前唯一已知的孤雌生殖侧齿蜥蜴。我们采样了darwinii复合群（包括L. darwinii、L. grosseorum、L. laurenti和L. parthenos）以及donosobarrosi群中的L. josei，后者基于系统发育和生物地理学证据被选为候选父系谱系。线粒体数据将L. parthenos归入北方L. darwinii，与母源起源一致，而核基因组概要则将其定位于L. darwinii和L. josei之间。贝叶斯模型比较支持一种涉及北方L. darwinii和L. josei的杂交物种形成模型，排除了其他亲本组合以及无渗入的模型。三角图进一步支持了一个稳定化的杂交谱系。气候生态位分析显示与北方L. darwinii存在显著分歧，但与L. josei有大量重叠，部分支持地理孤雌生殖假说。更广泛地说，我们的研究展示了基于模型的基因组方法在解析非模式系统中杂交起源方面的效用，并扩展了理解无性脊椎动物谱系出现和持续存在的比较框架。

杂交越来越被认为是重塑基因组并产生新谱系的重要进化过程。一个引人注目的结果是专性孤雌生殖种群的起源，这通常通过种间杂交实现。在本研究中，我们利用全基因组数据和合并模型重建了Liolaemus parthenos的进化历史，这是目前唯一已知的孤雌生殖侧齿蜥蜴。我们采样了darwinii复合群（包括L. darwinii、L. grosseorum、L. laurenti和L. parthenos）以及donosobarrosi群中的L. josei，后者基于系统发育和生物地理学证据被选为候选父系谱系。线粒体数据将L. parthenos归入北方L. darwinii，与母源起源一致，而核基因组概要则将其定位于L. darwinii和L. josei之间。贝叶斯模型比较支持一种涉及北方L. darwinii和L. josei的杂交物种形成模型，排除了其他亲本组合以及无渗入的模型。三角图进一步支持了一个稳定化的杂交谱系。气候生态位分析显示与北方L. darwinii存在显著分歧，但与L. josei有大量重叠，部分支持地理孤雌生殖假说。更广泛地说，我们的研究展示了基于模型的基因组方法在解析非模式系统中杂交起源方面的效用，并扩展了理解无性脊椎动物谱系出现和持续存在的比较框架。

地理孤雌生殖, 贝叶斯因子, Liolaemus, 蒙特-巴塔哥尼亚生态过渡带