宏基因组学揭示肯尼亚农村集水塘作为中等水平抗菌药物耐药性环境储库的角色

《Environmental Microbiome》：Shotgun metagenomics reveals the microbiome and resistome of water harvesting ponds used by Kenyan rural smallholders

　　

摘要

集水塘对撒哈拉以南非洲的小农经营至关重要，但其在抗菌药物耐药性（AMR）传播中的作用尚不明确。本研究利用鸟枪法宏基因组学，对肯尼亚16个农村池塘的微生物组和耐药组进行了表征，共检测到涵盖27个类别的582种抗菌药物耐药基因（ARG）亚型。其中，五种ARG类型（杆菌肽、多重耐药、多粘菌素、β-内酰胺和利福霉素）占ARG总数的90.6%。基因组解析分析共重建了1,542个宏基因组组装基因组，其中包括携带利福霉素耐药基因（rbpA）及多种毒力因子（如VII型分泌系统、休眠调控因子和抗原85复合体）的非结核Mycolicibacterium属。ARG与可移动遗传元件的共定位现象罕见，耐药组风险评分为中等水平（约22.4），表明与农业废水或医院废水相比，其水平转移潜力有限。这些池塘作为与农业实践相关的中等且持续的环境性AMR储库发挥着作用。在"同一健康"框架下，加强抗菌药物管理、改进粪便管理措施以及设置植被缓冲带，有助于减轻AMR的传播并支持更安全的农村水系统。