基因可观测性限制了脊椎动物寿命进化的比较基因组推断

《Journal of Molecular Evolution》：Gene Observability Limits Comparative Genomic Inference of Vertebrate Lifespan Evolution

　　

摘要

比较矩阵中缺失的基因可能并非基因组本身缺失，而是注释中缺失。我们研究了不完整的基因记录如何影响对 68 种羊膜动物基因表征与最大寿命之间关联的解释。我们将 200 个基因组维护基因分为六个模块，并计算了每个物种中恢复的置信度加权比例。在考虑体重和演化支后，独立的系统发育广义最小二乘模型发现所有六个得分与寿命之间存在正相关关系。一项独立的主成分分析显示，一个成分解释了标准化得分中 99.01% 的变异，表明预测变量之间存在冗余性。对于转座子/重复序列模块，添加两个研究投入代理变量后，寿命模型中的得分系数降低了。限于 49 个物种的基因组完整性分析产生的估计值不够精确。在模拟中，我们在 31 个基因组中掩蔽了基因记录，并生成了具有已知得分效应的响应。随机掩蔽削弱了强加的关联。当研究投入同时影响响应和基因恢复时，尽管生成模型中没有直接的得分效应，省略研究投入的回归分析却经常检测到得分关联。包含生成投入变量后，这一检测率降低至约 5%。对 140 个鸟类物种 - 基因组合的序列比较区分了受支持的直系同源物指定与模糊或未解决的记录。这些结果表明，不完整的记录可能会削弱或扭曲基因得分关联，这取决于记录丢失的方式。在本面板中，经验寿命关联无法分离为生物学成分和观测成分。因此，为了进行生物学解释，必须考虑基因恢复情况并验证直系同源身份。