NeuroMetBench：跨癌症蛋白质基因组学背景下，基于患者个体感知的转录本衍生代谢表征证据边界

《Functional & Integrative Genomics》：NeuroMetBench: patient-aware evidence bounds for transcript-derived metabolic representations across cancer proteogenomic contexts

摘要

转录本衍生的代谢表征将基因表达与通路状态联系起来，但其解释依赖于采样单元、终点、队列和验证证据。NeuroMetBench是一种患者感知的研究方法，它将目标量、独立单元、终点映射、覆盖度、不确定性、传输、数值诊断和溯源保持分离，而非将其合并为通用分数。一个冻结的三基因丝氨酸评分在89例肺鳞状细胞癌（LSCC）患者中显示出RNA与蛋白质之间的秩一致性（Spearman \(\rho =0.9071\)，95%置信区间（CI）0.8496至0.9388），并在一个患者不重叠的90例中枢神经系统/高级别胶质瘤（CNS/HGG）队列中得到验证（\(\rho =0.6266\)，95% CI 0.4697至0.7507）。审稿人驱动的年龄/性别敏感性分析在完整病例中仍保持正值（LSCC \(n=86\)，部分\(\rho =0.9118\)；CNS/HGG \(n=69\)，部分\(\rho =0.7058\)），但CNS/HGG完整病例的选择与冻结的RNA评分分布相关联，无法排除人口学混杂。一个预分析冻结的特拉维夫胶质母细胞瘤测试未执行，因为公共RNA/蛋白质组学数据中未获得任何有来源文档的患者交叉匹配（最少需要\(n=10\)）。一个单独冻结的中山大学肿瘤防治中心（SYSUCC）分析发现了20例精确RNA/蛋白质匹配的胶质母细胞瘤，并呈现正向一致性（\(\rho =0.5984\)，95% CI 0.1252至0.9101；置换\(p=0.00637\)）。相比之下，RNA评分与75例同队列患者实测L-丝氨酸的相关性较弱且不确定（\(\rho =0.1534\)，95% CI -0.0803至0.3737；置换\(p=0.1853\)）。因此，证据强度具有轴特异性：跨模态代理一致性并不能确立代谢通量、生化验证、方法普适优越性、框架级外部验证或校准。