基于单细胞转录组学鉴定胆管癌预后相关细胞群体及MT2A功能验证

《BMC Gastroenterology》：Integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq identifies prognostic cell populations and genes in cholangiocarcinoma

　　

摘要

背景

胆管癌是一种相对少见的癌症，约占所有胃肠道恶性肿瘤的3%。然而，其全球发病率在过去几十年中一直在稳步上升，而驱动这一增长的确切因素尚不清楚。本研究旨在鉴定胆管癌中与预后相关的细胞群体和基因，并进一步通过实验验证所选结果。

方法

在本研究中，我们对来自公共数据库的胆管癌单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据进行了全面分析。分析流程包括聚类和细胞注释、GO、KEGG、GSEA分析、TCGA数据获取与预处理、Scissor分析、生存分析和反卷积分析。关键发现进一步通过细胞实验进行验证。通过Western blot和qRT-PCR在临床胆管癌样本中进一步验证了MT2A和TKT的表达，并通过体外实验评估了MT2A对细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。

结果

我们的发现揭示了胆管癌组织中恶性细胞与T细胞之间存在显著失衡，且恶性细胞丰度较高与较差的预后相关。Scissor阳性细胞的分布与恶性细胞高度一致，而Scissor阳性细胞中的差异表达基因，如MT2A和TKT，与胆管癌患者的不良预后相关。此外，临床胆管癌样本中MT2A和TKT的表达水平高于正常组织。功能实验进一步表明MT2A促进了胆管癌细胞的增殖、迁移和侵袭。

结论

我们鉴定了胆管癌中不同的预后相关细胞群体和差异表达基因，并通过细胞实验进一步确认了MT2A的功能相关性。这些发现为胆管癌的发病机制和进展提供了新的见解，并可能促进靶向治疗策略的开发。