布隆迪急性呼吸道疫情中甲型流感 A（H3N2）K 亚型基因组特征分析及靶向病毒富集测序研究

《BMC Infectious Diseases》：Genomic investigation of an Influenza A(H3N2) subclade K outbreak in a secondary school in Burundi, 2026

　　

摘要

背景

严重急性呼吸道感染（SARI）是一个重要的公共卫生问题，尤其是在难以确定致病病原体的情况下。对原因不明的SARI患者进行检测（SARI监测）以及鉴定致病病原体也被视为新兴疾病准备的重要支柱。因此，我们采用了靶向病毒富集测序技术来了解多种疾病的病因。

方法

2026年1月，布隆迪布琼布拉的一所中学报告了呼吸道疾病病例的增加，这引发了人们对2019冠状病毒病（COVID-19）可能再次爆发的担忧。然而，对有症状个体的严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）检测结果为阴性，表明可能存在其他呼吸道病原体。为了确定致病因子，我们使用靶向病毒富集测序技术对有症状的学生采集的鼻咽拭子进行了研究。八个SARS-CoV-2阴性的样本在iSeq 100平台上使用Illumina病毒监测面板v2进行了测序。测序数据经过质量检查后用于病毒鉴定，随后进行了基因组重建、分支分配以及所鉴定病毒的系统发育分析。

结果

在分析的8个样本中有7个样本检测到了甲型流感病毒（IAV）。4个样本获得了近乎完整的IAV基因组，从而可以进行详细的基因组特征分析。所有鉴定出的基因组都属于甲型流感A（H3N2）K亚型，这是布隆迪首次对该亚型的基因组进行检测和表征。系统发育分析显示，布隆迪的病毒序列分为两个不同的组，表明在疫情期间至少存在两种病毒谱系。未检测到与神经氨酸酶抑制剂抗性相关的标记。流感序列通过GISAID共享，以支持全球流感监测。

结论

本研究表明，在病因不明的急性呼吸道疫情中，靶向病毒富集测序技术非常有用，尤其是在初步检测结果为阴性且其他呼吸道病毒的常规检测受限的情况下。我们首次提供了布隆迪甲型流感A（H3N2）K亚型的基因组特征信息。不同病毒谱系的鉴定突显了基因组技术在补充常规实验室检测、支持疫情调查和呼吸道病原体监测方面的价值。