基于池化全基因组测序的瑞典野外捻转血矛线虫群体内与群体间基因组变异分析

《BMC Genomics》：Whole genome pool sequencing reveals genomic variation in field Haemonchus contortus isolates in Sweden

【字体：大中小】 时间：2026年10月18日 来源：BMC Genomics 3.9

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　　摘要背景Haemonchus contortus（捻转血矛线虫）是全球小反刍动物的重要胃肠道寄生虫。其庞大的有效群体规模、高繁殖力以及广泛的遗传变异促进了快速适应和驱虫药耐药性的产生。阐明H. contortus在群体内和群体间的基因组范围遗传变异，对于追踪变异体的分布、解读

摘要

背景

Haemonchus contortus（捻转血矛线虫）是全球小反刍动物的重要胃肠道寄生虫。其庞大的有效群体规模、高繁殖力以及广泛的遗传变异促进了快速适应和驱虫药耐药性的产生。阐明H. contortus在群体内和群体间的基因组范围遗传变异，对于追踪变异体的分布、解读与耐药性相关的标记以及制定寄生虫防控策略至关重要。尽管减覆盖度和靶向标记方法为群体结构提供了重要见解，但要对群体分化进行全面表征，仍需全基因组测序。本研究旨在通过对瑞典12个绵羊农场群体内个体的池化样品进行全基因组测序，表征瑞典来源于野外的H. contortus群体内和群体间的基因组范围变异。

结果

来自瑞典农场的野外H. contortus分离株在群体内表现出较高的基因组多样性（核苷酸多样性（Pi）= 0.0211–0.0253），且大多数群体间的基因组分化相对较低（固定指数（F_ST）< 0.1）。然而，有三对群体显示出较高的基因组分化（F_ST = 0.144–0.157），同时基因组核苷酸多样性较低（Pi = 0.0211–0.0227），分化主要集中在第4号染色体、第5号染色体和X染色体上。显著分化的单核苷酸多态性与一组有限的已注释基因相关联，这些基因参与调控、信号传导和神经系统相关功能。然而，这些模式的生物学基础尚不明确，需要利用与表型相关的数据和农场管理元数据进行进一步调查。

结论

本研究建立了跨越瑞典多个绵羊农场的野外来源H. contortus群体的首个全基因组基线，并表明池化样品全基因组测序（Pool-seq）是描述该物种广泛群体基因组模式的有效方法。我们的发现表明，瑞典H. contortus群体之间的基因组变异相对较低，而群体内的基因组变异较高。本研究为未来关于寄生虫适应、耐药性、监测和防控的研究提供了有价值的理论基础。

背景

Haemonchus contortus（捻转血矛线虫）是全球小反刍动物的重要胃肠道寄生虫。其庞大的有效群体规模、高繁殖力以及广泛的遗传变异促进了快速适应和驱虫药耐药性的产生。阐明H. contortus在群体内和群体间的基因组范围遗传变异，对于追踪变异体的分布、解读与耐药性相关的标记以及制定寄生虫防控策略至关重要。尽管减覆盖度和靶向标记方法为群体结构提供了重要见解，但要对群体分化进行全面表征，仍需全基因组测序。本研究旨在通过对瑞典12个绵羊农场群体内个体的池化样品进行全基因组测序，表征瑞典来源于野外的H. contortus群体内和群体间的基因组范围变异。

结果

来自瑞典农场的野外H. contortus分离株在群体内表现出较高的基因组多样性（核苷酸多样性（Pi）= 0.0211–0.0253），且大多数群体间的基因组分化相对较低（固定指数（F_ST）< 0.1）。然而，有三对群体显示出较高的基因组分化（F_ST = 0.144–0.157），同时基因组核苷酸多样性较低（Pi = 0.0211–0.0227），分化主要集中在第4号染色体、第5号染色体和X染色体上。显著分化的单核苷酸多态性与一组有限的已注释基因相关联，这些基因参与调控、信号传导和神经系统相关功能。然而，这些模式的生物学基础尚不明确，需要利用与表型相关的数据和农场管理元数据进行进一步调查。

结论

本研究建立了跨越瑞典多个绵羊农场的野外来源H. contortus群体的首个全基因组基线，并表明池化样品全基因组测序（Pool-seq）是描述该物种广泛群体基因组模式的有效方法。我们的发现表明，瑞典H. contortus群体之间的基因组变异相对较低，而群体内的基因组变异较高。本研究为未来关于寄生虫适应、耐药性、监测和防控的研究提供了有价值的理论基础。