基于477个RNA-seq文库构建桃泛转录组资源及其比较转录组学应用

《Scientific Data》：A pan-transcriptome of cultivated peach (Prunus persica) and its wild relatives

摘要

桃（Prunus persica L.）是重要的蔷薇科水果作物，也是李属研究的模式物种。尽管近期已报道了桃图谱泛基因组，但栽培桃及其野生近缘种之间的转录多样性仍无法通过单一参考注释或未剪接的泛基因组图谱得到完整捕获。在此，我们构建了一个桃泛转录组资源，基于477个RNA-seq文库（涵盖224份样本），并辅以217个全基因组测序数据集的支持。该数据集涵盖栽培桃及四个野生近缘种：P. mira、P. davidiana、P. kansuensis和P. ferganensis。经过从头组装、冗余去除、污染过滤、基于参考的分类以及基因组-读段支持过滤后，我们获得了包含29,622个基因的非冗余泛转录组，其中包括26,871个参考基因、2,218个未注释基因和533个非参考基因。BUSCO评估、读段支持过滤以及选定基因的PCR扩增扩增被用于技术验证。该资源为桃的比较转录组学、存在/缺失变异分析和注释改进提供了实用的数据集。