炭疽芽孢杆菌抗生素耐药性基因标记物的全基因组图谱表征与自然变异基线

《Scientific Reports》：Genomic landscape of antimicrobial resistance genes in Bacillus anthracis

　　检测抗生素耐药性（AMR）对于有效应对炭疽的公共卫生响应至关重要，但目前仍缺乏炭疽芽孢杆菌（*Bacillus anthracis*）中AMR标记物的完整目录。在本研究中，我们利用完整的美国疾病控制与预防中心（CDC）数据库和公共基因组（NCBI RefSeq、SRA）对与AMR相关的*B. anthracis*基因图谱进行了表征。我们通过对文献分析和AMR基因数据库的检索，识别出33个候选AMR基因，并对其变异体进行了调查。所有预测的AMR基因均为染色体编码基因；其中20个与炭疽治疗推荐使用的抗生素相关，另外13个与其他抗生素有关。在所有候选基因中，传统的肉汤微量稀释法药敏试验仅证实了青霉素耐药性（与*sigP*、*rsiP*变异相关）。如预期那样，由于*B. anthracis*中AMR极为罕见，仅少数标记物能够预测功能性耐药。变异体的出现频率总体较低，但在推测与四环素类、青霉素类及大环内酯类耐药相关的基因中略高。我们报告了全部33个区域的变异情况，旨在确立样本集中不赋予AMR表型的自然遗传变异基线。本研究的结果已被整合到先前发表的生信分析流程PiMA中，扩展了分析的基因集合，同时为不太可能赋予AMR表型的自然变异提供了背景参考。尽管*B. anthracis*主要表现为克隆性传播且遗传变异有限，但与功能性药敏结果相关联的AMR基因目录仍提供了宝贵的循证资源，有助于增强耐药性预测和炭疽应对准备能力。