MSstats+：整合谱图质量指标的非依赖采集蛋白质组学差异丰度检测计算流程

《Nature Communications》：Accounting for longitudinal peak quality metrics with MSstats+ enhances differential analysis in proteomic experiments with data-independent acquisition

摘要

基于质谱的数据非依赖采集蛋白质组学受益于先进的仪器和计算分析。尽管持续改进，某些测量的定量质量可能较差。随着蛋白质组学实验规模的扩大，这些低质量测量难以通过手工特征化，然而它们会削弱差异丰度蛋白的检测以及下游的生物学结论。我们介绍了 MSstats+，一种计算工作流程，它以 Spectronaut 或 DIA-NN 等工具报告的峰强度为输入，同时也包括峰形和保留时间等质量指标，以及这些指标的纵向运行顺序曲线。MSstats+ 将这些指标转化为单一的质量度量，并在检测差异丰度蛋白时对低质量测量进行降权处理。该方法提供了一种自然的缺失值处理方法，根据运行中的质量指标对插补值进行加权。我们在五个实验中展示了所得差异分析的准确性：两项故意诱导异常的自定义基准研究、受控的蛋白质组混合物以及两项大规模临床调查。MSstats+ 实现在 MSstats 开源 R/Bioconductor 包家族中。