污水中甲型流感病毒全基因组测序靶向富集方法的基准比较与定制面板评估

《Nature Communications》：Developing and benchmarking one health genomic surveillance tools for influenza A virus in wastewater

甲型流感病毒（IAV）仍然是一个持续存在的一体健康威胁，而基于污水的全基因组测序提供了一种有前景的监测工具。然而，IAV在污水中丰度较低，难以进行测序。我们对四种适用于多亚型全基因组IAV测序的靶向富集方法进行了基准测试，包括定制和现成方法。我们的定制血凝素拼接扩增子面板灵敏度高、速度快且成本低，适用于监测已知亚型的低丰度季节性变异株，但其对保守且完整的引物结合位点的依赖性限制了针对较少亚型的引物设计。一项已发表的通用扩增子方法针对所有IAV亚型，但由于其依赖于完整的基因组片段，在污水中表现不佳。与此同时，探针捕获方法对RNA降解具有较强的韧性。在实际污水样本中，我们的定制探针面板能够从循环中的H1N1、H3N2、H5N1中恢复全基因组信号，包括在dPCR检测受限的样本中经过验证的H5N1 2.3.4.4b序列。然而，探针捕获通常比扩增子方法成本更高且更耗时。在四种测序方法、两种污水基质以及大多数添加内标和原生动物的病毒靶标中，基于超滤的病毒浓缩方法始终优于大量直接提取。综上所述，这些基准比较和定制面板为在常规污水监测中实施IAV基因组测序提供了必要的信息。