非洲精准肿瘤学的数据代表性困境、基础设施挑战与非洲主导的未来路径

《The Lancet Regional Health - Africa》：Precision oncology in Africa: from the laboratory to the clinic

　　近年来，精准肿瘤学已改变了癌症治疗的格局，尤其是在高收入地区。从检测方法到个性化治疗策略，利用患者获取的生物标本进行新一代技术分析，并将患者与靶向治疗相匹配，这些做法已被证明能够提高癌症生存率。然而，非洲大部分地区仍然是这场革命的旁观者，主要原因是基础设施不足、数据代表性不足以及资金支持架构匮乏。非洲癌症患者数据的代表性不足是将精准医学融入癌症治疗的重大障碍。然而，非洲各地正在涌现出一个薄弱但不断壮大的研究基础。与非洲大陆的癌症负担相比，研究产出仍然有限，受限于资金不足的实验室、稀缺的测序能力以及缺乏受训的生物信息学家。近期在纳米比亚温得和克举办的一次会议，吸引了来自21个国家的160多名参与者，标志着向一个涵盖多组学、数字病理学和人工智能辅助诊断的区域性协同研究议程的转变。数据缺口是一个全球性的科学问题，而不仅仅是一个公平性问题。非洲拥有地球上最大的人类遗传多样性，然而其人口在支撑生物标志物发现的癌症基因组数据集中严重缺乏代表性。为支持这一观点，最近发表的一项关于胶质瘤中种族与"组学"数据的系统综述显示，数据库中用于基因组规模表征的样本来自报告为白人（91.1%，41名患者）、黑人（6.7%，3名患者）和西班牙裔（2.2%，1名患者）的患者。因此，非洲裔人群中常见的变异更可能被错误归类为"意义不明确的变异"，而针对非非洲肿瘤生物学优化的药物可能存在疗效不佳或毒性的风险。例如，某些非洲乳腺癌人群中BRCA1/BRCA2频率升高，正说明了这一关键问题——没有针对特定人群的数据，决策只能基于不完整的图谱。基础设施不足也对在非洲实施癌症精准医学造成了重大制约。有四个缺口反复出现：本地管理的生物样本库能力而非依赖样本出口；国内测序能力；能够进行分析而非仅仅生成数据的生物信息学人员；以及让非洲研究人员保留对样本和结果控制权的共享数据框架。在不培养分析人才的情况下建设用于分子分析的新一代测序设施，只会复制依赖关系而非消除依赖。国际联盟的努力有助于弥合这些缺口中的一个或多个。例如，"非洲健康发现与创新数据科学"（DS-I Africa）、"非洲人类遗传与健康"（H3Africa）、"非洲临床研究网络"（ACRN）、"非洲生物基因组计划"、"非洲肝胆胰肿瘤联盟"和"前列腺癌跨大西洋联盟"等努力正在构建一个跨洲的非洲临床医生和研究人员网络，展示了生成组学数据集和建立以非洲为主导的持续研究能力的可行性。尽管其中一些联盟由国际伙伴资助，但它们旨在建立一个可持续且公平的研究生态系统。即使在有基因组数据的情况下，将其转化为临床实践也并非自动发生。可操作的突变只有在卫生系统能够据此采取行动时，才能改变治疗结果。基本药物目录必须纳入靶向药物，诊断手段在转诊中心之外也必须负担得起，肿瘤学家需要接受培训以解读基因组报告和召集肿瘤讨论会。来自中低收入地区的证据表明，这一"最后一公里"缺口在依赖采购渠道和临床试验准入方面的程度与测序能力相当。没有这一转化层面，精准肿瘤学面临产生永远无法到达患者床边的知识风险。这一转化层面必须通过非洲科研和健康体系领导层来维系，以本地对数据、诊断和决策权的所有权为锚点，使精准肿瘤学的成果得以生根发芽，超越任何单一资助周期或外部合作伙伴关系。此外，非洲研究人员应当设定研究优先事项，因为他们对此有第一手的了解。例如，非洲负担不成比例或分子行为独特的癌症类型值得优先研究。例如，年轻女性中更具侵袭性的三阴性和BRCA相关亚型比例更高。同样，在前列腺癌中，西非男性的变异谱系与驱动当前风险预测工具的变异谱系不同。此外，宫颈癌、脑癌、肝细胞癌、伯基特淋巴瘤等癌症的发病率仍主要受特定地区流行的可预防感染驱动。未来的道路不仅仅是增加国际资助的样本采集，而是共同设计的研究——非洲科学家设定研究问题、保留数据管理权，并主导出版和知识产权讨论。具体来说，这意味着资助本地测序和存储基础设施，而非将样本运往海外；嵌入长期培训而非一次性研讨会；建立将利益回馈研究社区的数据协议，包括诊断工具。贡献者SIO——概念化、撰写初稿、审阅与编辑；SC——审阅与编辑；JO——审阅与编辑；RO——审阅与编辑；JOJ——审阅与编辑；JD——审阅与编辑；TM——审阅与编辑；SR——审阅与编辑；EEN——概念化、撰写初稿、审阅与编辑。西尔维斯特·伊费阿尼·奥莫鲁伊 | 斯特凡诺·卡恰托雷 | 约翰·欧马 | 雷哈娜·奥马尔 | 琼斯·奥莫肖罗-琼斯 | 约翰·德瓦尔 | 托马斯·马鲁莫 | 所罗门·罗蒂米 | 埃克内·埃马纽埃尔·恩韦克