基于培养法检测西非阿尔及利亚水生环境中革兰氏阴性菌的临床相关碳青霉烯酶基因

《Folia Microbiologica》：Culture-based detection of clinically relevant carbapenemase genes in Gram-negative bacteria from aquatic environments in western Algeria

　　

摘要

抗微生物耐药性（AMR）需要进行环境监测，因为水生系统可能从家庭、农业、医院和工业来源接收耐药菌、抗微生物残留物和可移动耐药基因。这项基于培养的研究调查了 2023 年 1 月至 4 月在阿尔及利亚西部 12 个内陆、咸水、湿地和沿海水体站点采集的可培养革兰氏阴性菌。细菌分离株通过常规生化方法和 16S rRNA 基因测序进行鉴定。抗微生物敏感性通过纸片扩散法和选定的肉汤微稀释法进行评估，黏菌素的解读仅通过最小抑菌浓度进行。对超广谱β-内酰胺酶样和碳青霉烯酶相关活性进行表型筛选，随后在选定的高风险分离株中进行靶向 PCR 和桑格测序。共获得 54 株革兰氏阴性分离株，其中包括 44 株发酵菌和 10 株非发酵菌。10 株分离株（均为发酵性革兰氏阴性菌）在排除种相关的固有耐药性后，符合多重耐药的定义。靶向测序证实两株Escherichia coli分离株和一株Cronobacter sakazakii分离株中存在blaOXA-48。一株Escherichia coli分离株同时携带blaNDM-1 和blaOXA-48。黏菌素耐药Pseudomonas aeruginosa分离株的mcr-1 检测呈阴性。这些发现提供了基线证据，表明阿尔及利亚西部选定的水生环境栖息着携带临床重要碳青霉烯酶基因的可培养革兰氏阴性菌。本研究应被解读为基于培养的靶向监测，而非对水生耐药组的定量评估。这些数据代表了“同一健康”框架下 AMR 监测的环境组成部分，并未建立与人类或动物蓄水池的流行病学关联。