Conjugative IncHI1质粒促进了尼日利亚沙门氏菌Typhi多重耐药性的出现：一项为期四十年的基因组分析

《Plasmid》：Conjugative IncHI1 plasmids drive the emergence of multidrug resistance in Nigerian Salmonella Typhi: A four-decade genomic analysis

　　

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  尼日利亚40年来（1982–2018年）首次对S. typhi进行全面的基因组特征分析。
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  2010年，抗菌素耐药性（AMR）的检出率超过了50%，这标志着监测的一个关键时间节点。
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  具有接合能力的质粒（占分离株的49.7%）携带的AMR基因几乎是不可移动质粒的五倍（4.9%对比0.9%；p<0.001）。
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  IncHI1质粒与核心抗性基因组之间的耦合度几乎完美（tet[B] r=0.95；blaTEM-1B r=0.87）。
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  应将质粒的移动性分类纳入国家AMR监测计划中。

章节摘录

背景

研究设计与背景

研究对象与基因组多样性

1982年至2018年间，共分析了151株来自尼日利亚的Salmonella Typhi分离株。这些分离株涵盖了118种不同的序列类型（STs），显示出显著的遗传多样性（香农多样性指数=4.62）。最常见的ST是ST38525，占所有分离株的4.0%（n=6），其次是ST39253（4.0%，n=6）、ST38529（3.3%，n=5）、ST39269（3.3%，n=5）和ST38733（2.0%，n=3）。随时间分析显示，不同十年的ST多样性有所波动：在20世纪80年代，发现了11种ST

讨论

结论

CRediT作者贡献声明

Hafeez Aderinsayo Adekola：撰写 – 原稿，可视化，监督，项目管理，方法学，正式分析，数据管理，概念构思。Kafilat Olaide Kareem：撰写 – 审稿与编辑，验证，软件使用，资源整合，方法学，调查，正式分析，数据管理。Abideen Olurotimi Salako：撰写 – 审稿与编辑，验证，概念构思。Zaidat Adesola Musa：撰写 – 审稿与编辑，监督，方法学。Muinah Adenike Fowora：

https://enterobase.warwick.ac.uk/），这是一个公开可访问的数据库，用于整理来自全球来源的去标识化Salmonella基因组数据。该数据集包含先前测序并存储的基因组，其中不包含任何个人患者标识符。本研究未直接涉及任何人类或动物受试者，也未收集或处理任何临床样本

资金支持

无。

致谢

以下是与本文相关的补充数据。

Hafeez Aderinsayo Adekola|Kafilat Olaide Kareem|Abideen Olurotimi Salako|Zaidat Adesola Musa|Muinah Adenike Fowora