基于GEM-X Flex的固定组织单细胞RNA测序方案在临床试验中的性能评估

《BMC Genomics》：Performance of the 10X Genomics flex single-cell sequencing assay and its application to overcome challenges in clinical trial samples

摘要

背景

单细胞RNA测序（scRNA-seq）已成为理解疾病生物学的重要工具，但其在临床试验中的应用往往受到生物样本处理相关后勤挑战的限制。新开发的方案旨在通过对固定组织进行检测来克服这些局限性。这些新方案需要与成熟的方案进行基准对比，以评估其性能及在临床研究中的适用性。

结果

在本研究中，我们对一组按照临床试验常规程序收集和保存的实体肿瘤样本，系统地比较了不同的基于固定组织和细胞核的RNA测序流程。在冷冻肿瘤组织和FFPE（甲醛固定石蜡包埋）组织块中应用10X Genomics GEM-X Flex基因表达检测，结合"切-固定"（chop-fix）预处理方案后，与标准GEM-X通用基因表达方案相比，表现出提升的数据质量——表现为更高的基因和UMI检测灵敏度以及略微降低的环境RNA背景。此外，该方案提高了特定生物信号的捕获能力，并更好地分辨了传统方法中较为模糊的细胞状态。

结论

GEM-X Flex能够从固定组织和临床活检样本中生成可靠、全面的转录组数据。通过克服新鲜和冷冻组织分析的部分局限性，该方案为scRNA-seq在临床试验中的广泛应用提供了一个稳健的解决方案。