通过转录组学分析和实验验证筛选结直肠癌中与N6-甲基腺苷RNA甲基化相关的铜死亡预后基因

《Medical Oncology》：Transcriptomics analysis and experimental assay to screen prognostic genes of N6-methyladenosine RNA methylation related to cuproptosis in colorectal cancer

摘要

铜死亡和 N6-甲基腺苷（m6A）RNA 甲基化已被确定为癌症中的显著因素。因此，我们寻求探索与结直肠癌（CRC）中铜死亡相关基因（CRGs）相关的 m6A RNA 甲基化相关预后基因，并开发有效的预后模型。基于公共数据集，进行差异表达分析、相关性分析和机器学习以识别预后基因。随后，构建并验证了预后模型。此外，通过利用临床特征和风险评分发现了独立预测标志物，以建立预后列线图。使用逆转录 - 定量 PCR（RT-qPCR）评估了 CRC 和正常样本中预后基因的表达。根据预后基因，使用人工智能药物设计（AIDD）和计算机辅助药物设计（CADD）预测了 CRC 的潜在药物。利用 7 个与 CRGs 显著相关的 m6A RNA 甲基化相关预后基因（MMP1、TIMP1、SNAI1、CDC25C、XRN2、COX5A 和 FBXL5）开发了一个预后模型。生存分析揭示了高风险组和低风险组之间生存结果的显著差异。基于年龄、分期、T 分期和风险评分构建的列线图显示出良好的预测能力。RT-qPCR 结果表明，MMP1、TIMP1、SNAI1 和 CDC25C 在 CRC 样本中上调，而 COX5A 下调，这与生物信息学分析结果一致。此外，鉴定出 186 种针对 COX5A 的候选药物，其中 153 种的预测结合亲和力优于阳性对照配体 3,5-二碘 -L- 甲状腺原氨酸。我们的分析为进一步全面理解涉及 CRC 的基本分子通路奠定了基础。