摘要
耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 (CRKP) 是一种全球性健康威胁，其驱动因素包括治疗选择有限和高风险克隆株。本研究旨在表征土耳其一家三级医院 CRKP 分离株的克隆结构、耐药性和毒力决定因子以及携带碳青霉烯酶的遗传元件。于 2023 年 10 月至 2024 年 10 月间收集了 25 株分离株（每名患者一株），依据 EUCAST 标准进行测试，并使用牛津纳米孔长读长技术进行测序。分析内容包括多重 locus 序列分型 (MLST)、2335 位点核心基因组多重 locus 序列分型 (cgMLST)、耐药组、毒力组、质粒 (MOB-suite)、泛基因组 (Panaroo) 和防御系统分析。所有分离株均对碳青霉烯类耐药，19 株对头孢他啶 - 阿维巴坦耐药，7 株对黏菌素耐药。鉴定出 6 种序列型和 5 个遗传簇，其中 ST147 占主导 (n = 13)。最常见的碳青霉烯酶谱为blaNDM-5 加blaOXA-48 (n = 13)，其次是单独的blaKPC-3 (n = 5) 和单独的blaNDM-7 (n = 2)。blaNDM-5 和blaOXA-48 主要由接合质粒 pAA405 和 pAA002 携带，而四株分离株在染色体相关元件或 IncX3 元件上携带碳青霉烯酶。在 15 株分离株中，blaNDM-5 与气杆菌素操纵子共存。泛基因组包含 7377 个基因簇，同一遗传簇内的分离株在表型和基因型上存在差异。耐药性和毒力决定因子在 ST147 内及共享质粒上汇聚，因此基因组监测应同时考虑遗传簇、元件架构和附加基因组。
