BioSIFTR：一种基于浅层鸟枪法测序的微生物组功能推断方法

《Genome Biology》：BioSIFTR: functional inference from shallow shotgun sequencing using biome-specific genome catalogues benchmarked in gut microbiomes

摘要

浅层鸟枪法测序是一种准确的微生物组分析方法，但其功能应用受到限制。BioSIFTR 将浅层鸟枪法测序读长比对结果外推至 MGnify 15 个特定生物生态位目录中预先计算的泛基因组功能，这些目录涵盖了宿主相关和环境微生物组。我们在合成群落以及三种肠道微生物组（红原鸡、小鼠和人类）上，使用匹配的深度鸟枪法测序和 16S rRNA 宏条形码数据对 BioSIFTR 进行了基准测试，其表现优于类似方法。进一步的验证将需要匹配的基准数据集，这是未来工作的重点。因此，BioSIFTR 是一种从具有成本效益的浅层鸟枪法测序中进行功能推断的实用方法，目前在肠道微生物组中已得到验证。