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脊椎动物病毒组捕获测序揭示常规诊断阴性流感样疾病样本中的呼吸道病毒多样性
《Virology Journal》：Virome capture sequencing for enhanced detection of respiratory and other viruses in PCR-negative influenza-like illness cases : a cross-sectional study
【字体： 大 中 小 】 时间：2026年10月22日 来源：Virology Journal 4.0
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摘要背景常规流感样疾病（ILI）多重 PCR 诊断经常呈阴性结果，导致呼吸道感染病因无法确定。脊椎动物病毒组捕获测序（VCS）提供了一种全面且非预设的方法，用于检测临床样本中已知和意外的脊椎动物病毒。方法我们回顾性分析了来自墨西哥 ILI002 队列（2010–2014 年）
常规流感样疾病（ILI）多重 PCR 诊断经常呈阴性结果，导致呼吸道感染病因无法确定。脊椎动物病毒组捕获测序（VCS）提供了一种全面且非预设的方法，用于检测临床样本中已知和意外的脊椎动物病毒。
我们回顾性分析了来自墨西哥 ILI002 队列（2010–2014 年）成年患者的 440 份鼻拭子样本，这些患者通过 Respifinder 多重 PCR 检测呼吸道病原体呈阴性。提取总核酸（DNA 和 RNA）并使用 VCS 进行测序。使用微生物快速鉴定（RIM）流程进行生物信息学分析。根据致病性和疾病关联对检测到的病毒进行分类。
在 440 份样本中，208 份（48%）检出病毒，鉴定出 314 种病毒。在 17% 的样本中鉴定出与临床症状一致的呼吸道病毒。鼻病毒是最常鉴定的呼吸道病毒。在 5 例病例中检测到丙型流感病毒（ICV），揭示了此前未被识别的传播情况。此外，观察到非呼吸道病毒的高频率，特别是 Epstein-Barr 病毒（EBV）和乳头瘤病毒。鼻病毒的系统发育分析显示多样性高，ICV 株型的基因分型证实了谱系保守性。
VCS 能够检测常规诊断方法遗漏的常见呼吸道病原体，还能识别具有流行病学意义的异常病毒，如 ICV，突显了其在疫情准备中的潜在价值。该技术代表了扩展我们对人类呼吸道中病毒全谱系的理解，并推进对宿主 - 病原体/微生物组相互作用认知的一个有前景的方法。
NCT01418287
常规流感样疾病（ILI）多重 PCR 诊断经常呈阴性结果，导致呼吸道感染病因无法确定。脊椎动物病毒组捕获测序（VCS）提供了一种全面且非预设的方法，用于检测临床样本中已知和意外的脊椎动物病毒。
我们回顾性分析了来自墨西哥 ILI002 队列（2010–2014 年）成年患者的 440 份鼻拭子样本，这些患者通过 Respifinder 多重 PCR 检测呼吸道病原体呈阴性。提取总核酸（DNA 和 RNA）并使用 VCS 进行测序。使用微生物快速鉴定（RIM）流程进行生物信息学分析。根据致病性和疾病关联对检测到的病毒进行分类。
在 440 份样本中，208 份（48%）检出病毒，鉴定出 314 种病毒。在 17% 的样本中鉴定出与临床症状一致的呼吸道病毒。鼻病毒是最常鉴定的呼吸道病毒。在 5 例病例中检测到丙型流感病毒（ICV），揭示了此前未被识别的传播情况。此外，观察到非呼吸道病毒的高频率，特别是 Epstein-Barr 病毒（EBV）和乳头瘤病毒。鼻病毒的系统发育分析显示多样性高，ICV 株型的基因分型证实了谱系保守性。
VCS 能够检测常规诊断方法遗漏的常见呼吸道病原体，还能识别具有流行病学意义的异常病毒，如 ICV，突显了其在疫情准备中的潜在价值。该技术代表了扩展我们对人类呼吸道中病毒全谱系的理解，并推进对宿主 - 病原体/微生物组相互作用认知的一个有前景的方法。
NCT01418287
