AB-DB v2.0：整合分子动力学、量子力学与理化描述符的抗菌药物多维数据库

《Journal of Cheminformatics》：AB-DB v2.0: an integrated chemoinformatic resource for antimicrobial compounds

　　

摘要

抗生素耐药性是对公共卫生的主要威胁，亟需化学信息学工具来帮助设计抗菌药物发现库。我们推出了AB-DB v2.0，这是一个免费开放的在线数据库，包含抗菌化合物的分子动力学（MD）轨迹、量子力学（QM）模拟、力场参数以及经过筛选的理化描述符。AB-DB v2.0完全集成于分子动力学数据库（MDDB）中，该数据库提供了一个基于网络的交互式环境，用于轨迹的可视化、探索和即时分析。量子力学模拟被纳入ioChem-BD平台，为计算化学结果提供了一个分布式且可追溯来源的存储库。该数据库包含超过470种分子，属于51类抗菌药物，包括临床中最重要的家族，如\(\beta\)-内酰胺类和喹诺酮类，以及关键细菌靶点抑制剂和肽类制剂。该数据库提供生理pH下主要微观物种的力场参数和分子描述符，确保可直接在分子动力学、对接、建模和机器学习工作流中重复使用。

科学贡献

通过将分子动力学轨迹、量子力学模拟、力场参数和经过筛选的理化描述符整合在一个单一且互联的资源中，AB-DB v2.0提供了一个独特的多维框架，用于抗菌药物数据分析和发现。这种组合确保了在分子动力学、对接、建模和机器学习工作流中的直接可重复使用性。