江西省结核分枝杆菌复合群与非结核分枝杆菌共检出及耐药特征的靶向二代测序分子流行病学研究

《Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials》：Integrated tNGS profiling reveals co-detection, drug resistance, and host pharmacogenetics of mycobacterial detections in Jiangxi, China

　　

摘要

背景

结核病（TB）和非结核分枝杆菌（NTM）的检测在诊断和治疗方面存在重叠的挑战，尤其是在高负担地区。来自中国南方江西省三级医疗机构的详细分子流行病学数据仍然有限，阻碍了针对性的防控策略的制定。

方法

本单中心研究回顾性分析了83份经Xpert MTB/RIF检测结核分枝杆菌复合群（MTC）阳性的呼吸道标本。采用靶向二代测序（tNGS）检测MTC和NTM、分析耐药相关突变以及评估宿主NAT2乙酰化基因型。

结果

在支气管肺泡灌洗液（BALF）样本中，MTC/NTM共检测率为26.7%（20/75；占总队列的24.1%[20/83]）。在这20例共检出的患者中，3例同时携带两种不同的NTM菌种和MTC，共计检出23种NTM菌种（M. chelonae，n = 12；M. abscessus，n = 9；M. intracellulare，n = 1；M. gordonae，n = 1）。基因型预测的氟喹诺酮类耐药见于10.8%的MTC检测阳性患者（9/83），在这些检测中共发现14次不同的gyrA突变事件，提示可能存在亚克隆异质性耐药，而非已确认的表型异质性耐药。还观察到可能赋予新型药物（如贝达喹啉/氯法齐明）耐药的突变，但尚未经确认的候选变异。鉴定出2例预广泛耐药结核病病例，均表现为耐多药并伴有氟喹诺酮类耐药。NAT2乙酰化表型在慢速、中间和快速代谢者中均有分布，且无性别差异。

结论

本研究揭示了江西省MTC/NTM共检出率较高以及氟喹诺酮类耐药程度显著。整合基于tNGS的耐药谱分析和宿主药物基因组学提供了一种探索性框架，在经未来临床验证后，可为个体化治疗的假设提供依据，并强调在专业转诊背景下耐药结核（DR-TB）管理中持续分子监测的必要性。

临床试验编号

不适用。