从沿海海水中分离出的新种Yoonia aquicola的分子系统发育研究

《Current Microbiology》：Taxonogenomic Investigation of Yoonia aquicola sp. nov., Isolated from Coastal Seawater

　　

摘要

从韩国收集的沿海海水中分离出一种阿尔法变形菌（KMU-150^T），并采用分类基因组学方法对其进行了研究。该菌细胞呈浅米色，呈椭圆形至短杆状，革兰氏染色阴性，严格需氧，且不具备运动能力。它能够在0–7.0%（w/v）的NaCl浓度、pH 5.5–9.0以及20–37°C的温度范围内生长。基于16S rRNA基因序列构建的系统发育树显示，KMU-150^T菌株与Yoonia属细菌在同一类Alphaproteobacteria中聚类，与Yoonia litorea DPG-5^T菌株的序列相似度达98.4%。其唯一的呼吸醌类物质为Q-10，极性脂质包括磷脂酰胆碱、磷脂酰甘油、两种未鉴定的氨基脂质以及一种未鉴定的磷脂。C_18:1 ω7c是主要的脂肪酸（占比超过10%）。KMU-150^T菌株的基因组大小为3.4 Mb，DNA中G+C含量为63.0%。系统发育树结果将该菌株牢固地归入Yoonia属。KMU-150^T菌株与Yoonia属其他物种之间的ANI值范围为71.6%至75.1%，与Y. litorea DPG-5^T的< />DDH值为19.5%，表明KMU-150^T代表了一个新的Yoonia属物种。预测KMU-150^T菌株的基因组包含五个潜在的生物合成基因簇，提示其可能具有次级代谢产物的合成能力。此外，在KMU-150^T的基因组中还发现了与生物分子降解相关的多个基因，表明其具有合成具有工业应用价值的酶的巨大潜力。本研究获得的分类基因组学数据支持KMU-150^T属于 nouvellespYoonia属的新物种的结论，建议将其命名为Yoonia aquicola sp. nov.。模式菌株为KMU-150^T（= KCCM 90340^T = NBRC 117445^T）。