新型高效空间转录组学系统实现 1 微米分辨率

《Nature Communications》：Sequencing-based spatial transcriptomics with high sensitivity

摘要

空间转录组学技术的出现极大地扩展了我们在分子层面上研究组织中细胞间相互作用的能力。在目前的方法中，基于测序的方法因能够无偏地捕获整个转录组而具有巨大的发现潜力。在过去几年中，这类方法的捕获空间分辨率已从约100微米提高到小于1微米，远低于哺乳动物细胞的尺寸。然而，基于测序的方法的捕获效率通常较低，这不仅削弱了高空间分辨率的优势，还负面影响了后续的数据分析。在这里，我们介绍了一种新型的空间转录组学系统，该系统能够实现约1微米的捕获分辨率，并大幅提高捕获效率。我们证明，在测序饱和度为0.43的情况下，每10×10微米的样本面积内可以捕获多达约14,000个唯一分子标识（UMIs）。当数据以2微米的有效分辨率进行分析时，甚至可以恢复出以单细胞层形式存在的稀有细胞。