PCV10时代巴西萨尔瓦多临床肺炎患儿的肺炎球菌携带与呼吸道病毒流行特征研究

《Vaccine》：Pneumococcal carriage and selected respiratory virus in children with clinical pneumonia in Salvador, Brazil during PCV10 era

　　

摘要专业翻译 尽管PCV10GSK（10价肺炎球菌结合疫苗，葛兰素史克）覆盖率居高不下，肺炎球菌携带仍然频繁。PCV10GSK血清型占肺炎球菌检出总数的8.5%–10.4%。血清型6C是最常检出的非PCV10血清型，其次为11A/D和19A。PCV20（20价肺炎球菌结合疫苗）血清型占肺炎球菌检出总数的34.9%–40.6%。随着巴西引入更高价PCV，持续监测至关重要。

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研究背景与问题

肺炎仍是五岁以下儿童发病和死亡的主要原因，尤其在低收入和中等收入国家。肺炎链球菌（Streptococcus pneumoniae，又称肺炎球菌）和呼吸道合胞病毒（RSV）分别是儿童社区获得性肺炎（CAP）的主要细菌性和病毒性病原体。肺炎球菌定植于人类上呼吸道，尤其在儿童中常见，可进展为脑膜炎、菌血症等严重感染。病毒感染可通过损伤呼吸道和削弱免疫系统增加儿童对细菌感染的易感性，病毒-细菌合并感染与治疗失败、延长机械通气及更高重症监护病房入住率相关。

巴西于2010年将PCV10^GSK纳入国家免疫规划（NIP），采用2+1接种方案（2月龄和4月龄各一剂基础免疫，12月龄加强一剂），覆盖率持续超过85%。多项研究显示PCV引入后3–8年内疫苗型肺炎球菌携带和侵袭性肺炎球菌病（IPD）减少，同时循环血清型分布发生变化。2026年6月，巴西启动从PCV10向PCV20的规划性过渡，大幅扩展儿童疫苗直接靶向的肺炎球菌血清型数量。在此疫苗格局变化背景下，PCV20引入前收集的监测数据为评估后续疫苗型和非疫苗型肺炎球菌携带及血清型分布变化提供了重要的流行病学参考。

然而，近期循环肺炎球菌血清型数据有限。本研究旨在估算临床肺炎患儿中肺炎球菌携带率、描述循环血清型分布和抗菌药物敏感性，并调查选定呼吸道病毒，为PCV20实施后的监测提供当地PCV20前基线。

研究设计与方法概述

研究人员于2023年3月至2024年3月在巴西萨尔瓦多两家急诊科前瞻性纳入2–59月龄临床肺炎患儿。临床肺炎定义为咳嗽或呼吸困难之一，伴年龄特异性呼吸急促或胸壁凹陷。共识别173例临床肺炎病例（166名儿童），排除2个月内重复急诊就诊后，最终分析样本为170例。

主要关键技术方法包括：鼻咽（NP）拭子培养和lytA基因实时PCR（qPCR）互补检测肺炎球菌携带；培养分离株经常规多重PCR（cmPCR）和Quellung反应血清分型，lytA阳性标本经12组四重qPCR分子血清分型鉴定64种血清型；肉汤微量稀释法按CLSI标准测定最小抑菌浓度（MIC）；口咽拭子经核酸提取后使用Allplex?多重qPCR检测RSV、流感和SARS-CoV-2；RSV阳性标本进行全基因组测序以鉴定型和基因谱系。所有肺炎球菌分离株和NP拭子送至美国CDC链球菌实验室进行外部质控独立验证。

研究结果

研究人群与临床特征：170例临床肺炎病例中，54.7%发生于2岁以下儿童，54.2%报告为混血肤色。咳嗽（58.8%）和呼吸困难（52.9%）为最常见症状。31.4%病例在既往一个月内接受过抗生素治疗，93.5%有PCV10^GSK按时接种记录。45.9%病例需住院，住院儿童中94.4%出院，2例死亡。

细菌和病毒检出：165例血培养中6例（3.6%）阳性，其中2例为肺炎球菌菌血症，均由血清型3引起且对所有检测抗菌药物敏感。169例NP标本中，肺炎球菌携带率为62.7%（106/169）。RSV为最常见检出病毒（20.6%），流感仅4例，SARS-CoV-2未检出。

共检出与携带密度：106例肺炎球菌携带者中19.8%同时检出RSV，1.9%检出流感。RSV阳性携带者中位Ct值为24.99，RSV阴性为26.16，差异无统计学意义（p = 0.60），未发现RSV与肺炎球菌携带密度相关的证据。

血清型分布与疫苗覆盖：95名儿童成功分型，其中5名携带两种血清型，共获得100个血清型判定。最常见血清型为6C（18.9%）、11A/D（9.4%）、19A（7.5%）、3（6.6%）、19F（5.6%）、6A（4.7%）和23B（4.7%）。PCV10^GSK、PNEUMOSIL（印度血清研究所10价疫苗）、PCV13、PCV15和PCV20血清型覆盖比例分别为10.4%、21.7%、29.2%、30.2%和40.6%。排除血清型3后，PCV13、PCV15和PCV20覆盖降至22.6%、23.6%和34.0%。保守敏感性分析中PCV10^GSK覆盖降至8.5%，PCV20降至34.9%。

抗菌药物敏感性：53株培养分离株中，35.8%对青霉素非敏感（口服折点），其中22.6%中介、13.2%耐药；按非脑膜炎肠外折点无青霉素耐药株。阿奇霉素、红霉素和四环素耐药率分别为30.2%、32.1%和34.0%。美罗培南和阿莫西林/克拉维酸耐药各5株（9.4%），均为19A或19F血清型。所有菌株对左氧氟沙星、莫西沙星、万古霉素和利奈唑胺敏感。

RSV基因分型：34份RSV阳性标本测序，29份成功组装基因组。72.4%为RSV-A，按全基因组分类为A.D.1（n=10）、A.D.3（n=9）和A.D.5（n=2），G蛋白分类均为GA2.3.5。8份RSV-B均属B.D.E.1进化枝（G蛋白分类GB5.0.5a）。

讨论与结论总结

讨论部分指出，PCV10^GSK引入十余年后，尽管疫苗覆盖率持续高企，PCV10^GSK血清型仍可在临床肺炎患儿鼻咽携带中检出。更高价疫苗尤其PCV20对检出血清型提供更大理论覆盖，但超过一半定植肺炎球菌未被现有儿童PCV覆盖。IPD罕见，仅2例且均为血清型3。近三分之一分离株表现大环内酯类耐药。RSV为最常见检出病毒，SARS-CoV-2未检出。血清型6C的优势地位可能部分与疫苗诱导交叉保护差异有关，但观察性设计无法确立因果关系，且未进行分子分型，无法判断其高频是否反映克隆扩张或多谱系循环。研究强调，疫苗血清型覆盖比例不应被解读为疫苗保护效果估计，血清型3即为例证——其被PCV13、PCV15和PCV20包含，但疫苗对该血清型的效果不如其他疫苗血清型一致。

研究结论：本研究提供了PCV10使用十余年后萨尔瓦多临床肺炎患儿肺炎球菌携带和血清型分布的PCV20前基线。随着巴西从PCV10过渡至PCV20，持续监测对于评估PCV20型携带变化、血清型6C的持续或消退、非PCV20血清型的出现或扩张以及循环肺炎球菌的抗菌药物耐药性至关重要。将携带监测与IPD和抗菌药物耐药数据整合，对于表征PCV20实施后的变化及识别演变的血清型和耐药模式尤为重要。